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一、施愚山《无可大师六十序》云：“余昔奉使，经苍梧……至匡庐同游五老、三垒间，旬日始别。”
按：旬日始别者，非仅施别于方，亦方别于施。两人“从平乐经江西而归”，同游庐山后，施北上回京复命，方则东归桐城。
二、归桐城未几，即去金陵，在高座寺坐关。侯方域《与方密之书》，自道在宜兴时，即闻方“止于高坐寺”。又送《何子归金陵序》末有语：“今闻于高生寺为僧，何子归，试以语之。”此何子，亦为侯方域“述密之还里月日甚详”的“何三次德”。何次德，行三，名杲。
按：序中着一“闻”字，显见得方以智在高坐寺，非何杲告于侯方域者，甚至亦非何杲所知，以意测度，方以智既已出家，无在俗家久住之理，到桐城后，亦必择一古刹挂单，还家一谒老父，嘱咐妻子尽心侍养，旋即飘然远引，止于金陵高座寺。或者何杲亦不及知。
第三章方以智（3）
余著用力甚勤，何以独于此节疏忽？当是为《清史稿》所误。《清史稿•；方以智传》“其闭关高坐时也”云云，已见前引。而此传实采自马其昶《桐城耆旧传》，原文为“先生闭关高座寺也”，落一“寺”字，遂大有出入。因为“高坐”，或作“高座”原为禅门用语之一，讲经说法，例必高坐，虽落一“寺”字，文义依旧可通，因而余君偶然放过。
侯方域所说的“高坐寺”应为“高座寺”。以《送何子归金陵序》证之，此寺确在金陵。但查《嘉庆一统志》、《清凉山志》，以及《实用佛学辞典》，均无此寺。但《高僧传》有慧进者，驻锡“京师高座寺”，卒于齐武帝永明三年，年八十五。此京师即金陵，原来高座寺乃“南朝四百八十寺”之一。六朝古刹，至清犹存，应该亦是有名的丛林，熟于僧史者，必能述其涯略。但可决其必非天界寺，因为天界寺建于明洪武中，非六朝之遗。
方以智晚年逃禅，虽示不仕清的决心，亦以俗缘未断，只觉君亲两不可负。至于对恢复明室，经过弘光、永历两个年号，实已灰心。因此，康熙十年被逮，说是“密之罪状，必属谋反”之类，亦颇有商榷的余地。
方以智晚年定居江西吉州青原山净居寺，死于康熙十年，历来皆不知其死因。邓石如辑《清诗记事初编》，叙方以智次子中通生平，兼及其父云：
“以智晚年住持庐陵县河南十里青原山，康熙十年辛亥，以事被累入粤，卒于道中……今读此集陪诗卷四为《惶恐集》，纪其事甚详。‘惶恐’者，以智卒于万安舟中，即文山集之惶恐滩也。中通亦在桐城就逮，事历二年，经皖、赣、粤三省，赖周亮工营救得白，又以他事坐系获释。究为何事，一字未及。”
邓石如又述方中通之学云：
“中通……当从西洋人穆尼阁布算，又问学于汤若望，熟读利玛窦之书，通历算之学，与汤圣弘……梅文鼎为友。撰《数度衍》二十四卷，附录一卷；别刻《陪集》以载诗文。迄康熙二十九年庚午，曰《陪古》三卷、《陪诗》七卷，《陪词》一卷，又刻《续陪》四卷，则诗文不分。”
按：方中通诗文集，称为《陪集》，表示诗文皆得自父授，不足以自成一家，为《浮山集》（方以智诗文集）陪衬而已。
余英时据邓记，断为方以智乃被逮赴广东时，舟过文山《过零丁洋》诗中所提到的惶恐滩，有感而自裁，其论断是：
“甲申之岁，密之不死，可以见谅于世人者也。辛亥再陷缧绁，上距永历之亡，亦既已十易寒暑矣。此时而仍不惜对簿虏廷，苟延残喘，虽密之号愚者，余知其决不出此也！然而古人有言，死得其所；就密之当时所处之情势言，其最适当之死所，殆莫惶恐滩若。此所以舟过万安，抵惶恐滩头，密之遂不得不死矣！”
余英时此论，极其精确。方以智之死，即在不愿“对簿虏廷”，死志固已早萌，但死非其时、其地，则易滋人误会，以为畏罪自尽，此为方以智所决不甘于忍受者。是故，笔者以为可以进一步论断，自裁于惶恐滩，乃方以智早经选定的毕命之地。
方以智获罪，究为何事？余英时亦未能考据，仅据方以智幼子中履文集中，“两言‘全家齑粉’”，以为“密之罪状必属谋反之类”。这样推断，自然合理，但方以智实无“罪状”，不过他人诬以谋反而已。而此诬也，实亦并不难辩白。不知者，一闻方以智被逮的原因，“咋舌摇手，如疫疠猛火不敢近”，知者则必能辨诬的信心极强。
方以智为人所诬，几罹巨祸，以不甘对簿虏廷，而自裁于惶恐滩。自况其追步文信国的节概，据邓石如、余英时先后考证，已成定论。所成疑问者有二：第一，被诬者是何案？虽可想像为“谋反大逆”，究系哪一桩逆案？“通海”之余波，永历之遗烈，还是三落之变，或者“朱三太子”案？第二，方以智有子三人，长幼无恙，独独仲子方中通两受其祸，此又何说？
我以为这两个疑问，决非无望解决。清初文集、笔记以及官文书，浩如烟海，若能遍搜，或有水落石出之一日。求证之先，笔者“大胆”提两个“假设”，借为线索。
先说第二个疑问，窃以为仇家构陷，怨从子起而“祸延显考”。如前引，方中通乃清初“畴人”之一。而清初历法之争，科学打倒玄学，乃中国科学发展史上极重要的一页，亦为形成康熙性格中极可宝贵的科学精神，而成就其为中国历史上一位异常杰出的统治者的诱因，所关匪细，值得不惮烦一述始末。
明朝的戊申《大统历》，实即元朝郭守敬所造的《授时历》，但节气及日月食的推算，参用《回回历》。回历与阳历大同小异，一年三百六十五天，分十二宫，即十二个月，正至三月各三十一天，四月三十二天，五至六月各三十一天，七至八月各三十天，九至十月各二十九天，十一、十二月各三十天，遇闰年则十二月加一天。
《大统历》用至成化年间，日月食时刻的推算，常有失误，但宪宗不罪钦天监的官员，以为“天象微渺”，推算有误，不足为非。像宪宗这样的庸主，当然不会知道天象运行有常，若得其法，是可以准确推算的。他的意思是，天象下应人事。英宗北狩，遇土木之变，蒙尘塞外。景帝即位，迎英宗回京，幽居南内，结果又有夺门之变而复辟。这一连串的大变化，是任何人所梦想不到的，岂非“天象微渺”难凭？
弘治、正德间，误差的现象越来越严重。很明显的，《大统历》的所谓“历元”在元世祖至元十八年辛已，至正德年间已历时二百三十多年，分秒之差，年积月累，失误自大，于是改历之议复起。聚讼纷纭，莫衷一是，到了世宗即位，他是笃信神仙的，嘉靖七年、十九年两次推算日当食而未食，证明误差已到了非修正不可的时候，也就是《大统历》的缺点已充分暴露，到了非改不可的时候。而“帝喜以为天眷”，因而终嘉靖之世，无人敢言改历。
万历末年，西学传入中土。利玛窦挟天算之学为有识之士所尊重，推算天象，屡次获得证明，精确胜于古法。至崇祯初年，在徐光启的极力主张，以及思宗的支持之下，修历之议逐渐成为事实。但尊古法者固极力顽抗，思以逞异说而取富贵者，亦颇有人，因此修历共设四局，各搞各的。四局者：大统、回回、东局、西局。西局由徐光启的继承者山东参政李天经主持，成员皆西洋天主教士；东局则别具一说，而多少具有投机性质的历学家魏文魁所领。崇祯十年正月初一日食，四局预推的结果如次：
一、大统：食一分六十三秒。
二、回回：食三分七十秒。
三、东局：游气侵光三十余秒。
四、西局：京师见食一分一十秒。应天（南京）及各省分秒各殊。云南、太原不见食。此外初亏、食甚、后圆时刻亦各异。
事后证明，惟有西局所推皆验。于是崇祯决定废《大统历》用新法。而遵古者，抗章交谏，并策动太监作内应，反对新法，这样迟延到了崇祯十六年，三月初一日食，又是西局所测独准。这年八月下诏：“西法果密，即改为大统历法通行天下。”可惜“未几国变、竟未施行”。
第三章方以智（4）
入清则顺治二年即用新历，名为《时宪历》。清史稿《汤若望传》：
顺治元年，睿亲王多尔衮定京师。是岁六月，汤若望启言：“臣于明崇祯二年来京，用西洋新法修正旧历，制测量明星晷，定时考验诸器，近遭贼毁，拟重制进呈。先将本年八月初一日日食，照新法推步，京师日食限分秒，并起复方位，与各省所见不同诸数，开列呈览。”王命汤若望修正历法……八月丙辰朔，日有食之，王令大学士冯铨与汤若望率领天监官赴观象测验，惟新法吻合。大统、回回二历时刻俱不协。世祖定鼎京师，十一月，以汤若望掌钦天监事。汤若望疏辞，上不许；又疏请别给敕印，上亦不许，并谕汤若望遵旨，率属精修历法，整顿监视，如有怠玩侵紊，即行参奏。加太仆寺卿，寻改太常寺卿，十年三月，赐号“通玄教师”。
汤若望在华已将二十年，深通中国人情世故，“疏辞”及请“别给敕印”，都是为了不愿得罪原来的钦天监官。而“上不许”者再，非冲龄的顺治能赏识汤若望，乃是因为顺治生母孝庄太后，此时已皈依天主教，而以汤若望为教父之故。
不久，汤若望又加通政使衔，进秩正一品，使得旧派既妒且恨。于是到了顺治十四年四月，旧派由已革“秋官正”吴明炫发难，对汤若望展开攻击。《汤若望传》：
“十四年四月，革职回回科秋官正吴明炫疏言：‘臣祖默沙亦黑等一十八姓，本西域人；自隋开皇己未，抱其历学，重译来朝，授职历官；历一千又五十九载，专管星宿行度。顺治三年，常印汤若望论臣科，凡日月交食，及太阴五星陵犯，天象占验，俱不必奏进。臣察汤若望推水星二、八月皆伏不见，今于二月二十九日仍见东方；又八月二十四日夕见，皆关象占，不敢不据推上闻，乞上复存臣科，庶绝学获传。’……别疏又举汤若望舛谬三事……八月，上命内大臣爱星阿，及各部院大臣登观象台，测验水星不见。议明炫罪，坐‘奏事诈不以实’，律绞，援赦得免。”
历官旧派攻新，第一回合败下阵来，第二回合则大获全胜，其事在顺治崩治，康熙即位以后。清史稿《杨光先传》：
“杨光先字长公，江南歙县人。在明时，为新安酐千户，崇祯十年上疏劾大学士温体仁、给事中陈启新等，舁棺自随；廷杖戍辽西。清初，命汤若望治历，用新法，颁时宪历，书面题‘依西洋新法’五字。光先上书谓非所宜用。既又论汤若望误以顺治十八年闰十月为闰七月，上所为摘谬，辟邪诸论，攻汤若望甚力，斥酐奉天主教为妄言惑众。圣祖即位，四辅臣执政，颇右光先。”又《汤若望传》：
“新安卫官生杨光先，叩阍进所着摘谬论，选择议，斥汤若望新法十谬。并指选择荣亲王葬期，误用洪范五行，下议政王等会�