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科学家的个人情感在从事科学研究活动开始时就已经介入其中。例如，科学家对自然感到无比的好奇，这种好奇心将成为他们今后从事艰苦并且通常是枯燥乏味的研究工作时的不竭动机和力量的源泉；其他的情感包括对问题的兴奋、解决问题的雄心、憧憬解决问题之后的幸福感等等。
还有很多外部因素也在科学活动开始时发挥作用。当科学家决定花费时间和精力对一些科学问题进行攻关时，对科学问题的选择也必然受到文化的、社会的、政治的和经济的因素的影响。每一个科学家生活与工作于不同的国家、文化、政治、经济等背景，这些背景决定了哪些问题是可以研究的，哪些问题是不能研究的；哪些问题是能够得到大量资助的，哪些问题必须是自费或者业余研究的；哪些问题是政府鼓励的，哪些问题企业鼓励的。在科学问题变得日益复杂化并需要大量经费支持的今天，选择一个能够得到资助的科学问题是科学家首要考虑的。
还有一些非科学因素也决定了科学家走向不同的道路。比如，一个科学家会因为对自然界严重的大气污染特别义愤来选择污染成因作为科学问题；另一个科学家可能从事有关烟草对人类健康的影响问题，仅仅是因为他能够从烟草公司获得研究职位和薪金。
科学家的直觉、灵感（往往来自于睡梦）和机遇等也可能产生科学问题。也就是说，提出问题、发现问题本身与科学思维是可以没有关系的，可以是非逻辑的。
尽管科学理论形成从开始到结束的整个过程都受到这些个人情感因素、外部因素和非科学因素的影响，而且这些影响的作用往往不可低估，但它们与最终的科学理论的可靠性和客观性没有必然的联系。科学问题不会受命于这些因素，因为科学方法中后续的步骤将逐步排除这些因素对科学问题的影响而把科学引向客观与可靠的结论，当然这需要很长的时间和艰苦的努力。
2。2通过科学思维收集经验证据
接下来科学家要收集解决科学问题的相关信息也就是证据。获取证据的过程也是科学家应用科学思维的开端。
科学研究活动需要的是经验证据。经验证据是指个体通过自身或者借助仪器能够眼见、耳闻、手触、鼻嗅、舌尝的东西，也就是易于感知的、能够共享的东西。虽然这里的经验只是个体经验，但经验证据之所以重要是因为当某一个人宣称有此证据后它是可重复的、其它的人也可以感知的。
经验证据区别于日常生活中经常遇到的其他证据，如传闻证据、证言证据、现场证据、启发性证据、神灵证据、情感证据。传闻证据是从道听途说的东西，因难以确定消息来源而不可靠。证言证据（目击证人的叙述）和现场证据（通过现场工具、动机和时机分析得出的信息）是法庭判案时经常采用的，但它们经常也是靠不住的。启发性证据是某个人认为自己受到某种超自然的力量暗示启发后而表达出来的言辞，神灵证据是指某些人认为的由鬼怪、精灵、超正常的和超自然的实体展示的信息，它们因为不能为别人觉察且不可重复而更不可靠；情感证据是来自于个人的主观感受，虽然可重复但只为一个人独有，也不可靠。科学家在收集证据时必须把这类证据立即排斥在科学大门之外。
最接近经验证据的是权威证据。权威证据是权威代言者（权威人物、论文着作、专利公告、媒体广告等）告知的信息。任何一个人获得知识都离不开权威证据，一是因为我们生活在权威证据包围的环境之中，比如一个人从小到大逐渐接受家长、老师和教授的教育；二是人类社会经验表明依靠权威是自然选择的必然结果；三是接受权威证据是个人获得知识最快、最有效的办法。
一个科学问题的经验证据有两个来源，一是科学家自己进行的科学观测和科学实验。科学观测是借助感官和仪器而进行的一种有目的、有计划、有选择性的感知活动；科学实验就是运用实验工具，通过人为控制、干预或模拟自然现象而进行的一种科学研究活动。这些科学观察和科学实验必须是可以重复进行的，得到的经验证据是能够被验证的。二是来自于权威证据。只有那些在科学家认可的书刊（即专业刊物、专业书籍）上得到正式发表的科学原理、模型、公式、图形、数据等权威证据才有可能被认为是经验证据。
科学家获得这些经验证据能否成为这个科学问题的有效和可靠的经验证据，需要用理性思维和怀疑态度进行判断。理性思维是严格遵守逻辑规则、采用归纳与演绎、分析与综合等方法进行的推理活动。这里需要把理性思维与非理性思维做一个比较。理性思维是需要经过严格的训练和学习才能获得的，而非理性思维是天生的；理性思维通常是一个困难和漫长的过程；非理性思维则突发的、短暂的、冲动的、容易的；理性思维需要与人的愿望、意志作斗争，对很多人来说是痛苦的；非理性思维随从人的愿望、意志，给人以愉悦的感觉；理性思维的结果是人们难于直接感知而不愿很快接受的，非理性思维的结果是人们能直接感知因而容易接受的。怀疑态度则促使科学家时常对经验证据进行先行的检验，不受经验数据的自我欺骗和被动欺骗。例如，你自己掌握的和从别处收集来的经验数据是否完备可靠；观测与实验获得的数据是有多大的误差等。
当科学家掌握了自认为是完整有效的经验证据之后就进入到下一个步骤——形成假说。
2。3 形成假说与科学方法
根据以上经过一系列的科学思维处理后的经验证据，就可以对某一科学问题做出可检验和待检验的猜想性和尝试性的解答，这就形成了科学假说。
形成假说必须依靠一系列科学方法，包括科学归纳（从大量的经验证据寻找普遍特征）、类比方法（以一个事物的经验证据为基础向另一个事物的经验证据过渡）、统计方法（处理具有多种可能性的随机现象的经验数据）、数学方法（用抽象的符号和数学语言把经验证据统一起来）等等。对科学方法的选择是科学家的个人行为，不同的科学家有不同的思维风格，但是不同形式的假说本质上应该是等价的，可以相互转换的（如物理学中量子理论中的薛定谔的波动力学与海森堡的矩阵力学）。
一个假说可能为真、可能为假，必须接受后续的验证。科学家通过发表论文或者撰写着作的形式公开自己的假说，去接受科学共同体的验证。非科学思维者也可以得出某一假说，但他们往往到此为止，不经过或者不愿意经过后续的检验假说和修正假说的过程，直接把假说当成理论进行传播。
2。4 检验假说与科学假说的特征
科学假设是依据尽可能多的实验材料和经验事实以及尽可能牢固的科学基础上创造出来的，是经验证据和科学思维的产物。如果说形成假说往往是归纳与综合方法的结果，那么检验假说则是演绎与分析方法的开端，因此科学哲学家把从检验假说到形成理论的步骤称之为假说—演绎法。波普尔为假说—演绎法的科学方法论贡献了“可证伪性”、“可检验性”等基本概念＇4＇。
科学假说的基本特征是：①假说的自洽性。假说的各个组成部分是符合逻辑的，不存在矛盾命题。②假说的兼容性。它与得到确证的科学原理是向下兼容的。③假说的解释性。它能够解释符合原来科学理论的经验证据和自己获得新的经验证据。④假说的预见性。通过科学思维能够推论出的经验证据超过它直接说明的经验证据的范围，因此包含着尚未检验的经验证据。⑤假说的可检验性。它是可以被经验证据证实或者被经验证据证伪的。⑥假说的简单性。简单性原则是一个美学原则，它要求尽可能少地包含彼此独立的假说或者公理。⑦假说的试探性。它只是尝试性的解答问题，是可修正的、改变的、并非唯一的。其中最重要的特征是它的预测性和可检验性。
考察一个科学假说是否成立，就是要看它是否具备上述基本特征。例如，只有包含了自然过程、自然事件、自然规律等经验证据的假说才是可检验的，而包含非自然知识的假说则不能被检验；凡是声称是绝对正确的假说也不是科学假说。
检验科学假说的过程实际上是重新收集和认识经验证据的过程：一是科学家通过不断地观测与实验增加了新的经验证据，二是假说预测的经验证据需要接受检验，三是原来的经验证据可能与新的假说预测的经验证据产生矛盾而重新检验。
2。5 修正假说与科学争论
如果科学假说被检验为不能成立，它必须被修正或者抛弃。在这个时候，人文因素又起着重要的作用。科学家因为花去了大量的时间、精力甚至财力才形成了科学假说，因此不可能简单地抛弃他们自认为正确的东西。由于怀疑态度的存在，科学家也不会轻易接受一个他人认为正确的假说。科学家对假说的辩护与反驳成为科学进步的动力。为了保护科学假说的核心部分，科学家通常会逐步建立一些辅助性的保护带。在辩护与反驳过程中，组成科学假说的核心及其保护带被不断地修正，不断地检验。
检验假说与修正科学假说的过程就产生了科学争论。科学争论表现为科学界在经验证据（实验发现、观察报告、数据分析、统计结果等）的有效性、科学方法的选择、假说的预见性结论的应用等诸多方面的分歧和论争。一个严肃的科学争论必须限定在科学研究探索的范围内进行，拒绝来自科学外部因素的影响；它也必须是理性的，以经验证据为基础进行理性推理，拒绝个人情感、个人信仰等非理性的东西。
只有在经过科学共同体多次检验的科学假说才能成为可靠知识的一部分—科学事实。科学事实是高度证实的科学假说，是可以重复检验的，形成了人类知识中的真理部分。因为很多的科学事实，例如生物组织的进化、生命中核酸的存在、大陆的漂移等，与人的普遍意识、过去的哲学观念以及宗教相违背，因此很多人否认它们。通常我们把否认科学事实的行为称为非理性的行为，不管这种行为是来自科学家还是其他人。
2。6 形成理论与科学理论的基本功能
科学理论是多个科学事实的整合建构。库恩概括了一个好的科学理论具有5个基本特征：精确性，从理论导出的结论与观察实验的结果相符；一致性，不仅内部自我一致而且与现有的一些公认理论的一致；广泛性，理论的结论远远超出了要最初要解释的特殊观察、定律；简单性，理论应当简单，给现象以秩序；有效性，理论应当产生大量新的研究成果＇5＇。
科学理论的基本功能是解释功能和预见功能。科学理论的解释功能是指人们能够利用科学理论推断出的结论来验证已经存在的经验证据。它不仅包括因果解释（一个确定性事物在给定初始条件后，过去与将来都是可以决定的），也包括概率解释（由于某些事物本身具有的不确定性导致现象�