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科尔兄弟认为科学界虽然存在社会分层，但却不存在社会冲突，并对冲突理论批评科学界的分层现象的功能理论的4种观点进行了辩驳。
冲突理论的观点之一，有权势的科学家控制了能使科学家进行研究并发表的资源，他们把这些资源分配给自己的朋友、学生和为他们服务的其他人。而忽视不在国内的有同样才智的科学家。科尔兄弟认为，最好的学生在最好的系里，也就是说有权势的科学家的朋友、学生和为其服务的其他人也是相对优秀的；而有才智的科学家不会因为社会结构的不平等而失败，换句话说“是金子总会发光的”。
冲突理论的观点之二，有权势的科学家的小集体控制了刊物，不是这个小集体成员的科学家感到发表文章比较困难。科尔兄弟认为，现在几乎任何论文都能发表。
冲突理论的观点之三，一旦论文被发表，控制着物理学界的精英将忽视圈外人的发表的论文，而引证圈内人发表的论文。科尔兄弟认为，如果一名科学家发表了一篇好论文，不论这名科学家在分层体系中的地位如何，这篇论文总会迅速地得到承认和利用。
冲突理论的观点之四，科学界没有更多社会冲突的原因是精英控制了交流工具和社会化工具；大多数科学家认为奖励制度是合理的，自己的利益与精英的利益不是对立的。科尔兄弟认为，认为奖励制度基本上是平等的低层科学家并不比高级别的同行少，尽管他们牢骚会多一些。科学认为科学明星有两种功能：激励功能和提供了合法权威的领导。领导人的两种功能是资源的分配和共识的确定。
尽管科尔兄弟的辩驳极具说服力，但他们只强调结果而忽略了很多过程中的冲突和科学家对时间的耐心。比如，在项目申请的同行评议中普遍存在着名人效应。倘若不知名的科学家在与知名的科学家竞争类似的项目时没有被批准，他的科学生涯可能会提早结束或者创造性才华会被时间消磨。
3、从组织行为学来看科学界的冲突
因为组织中存在权力、地位、信息、报酬等的不均衡，个人进入组织后，冲突就不可避免。冲突既可以是个人与组织结构或者组织功能之间的，也可以是个人之间相互关系的，更包括个人与社会的。
科学在成为一种建制后，以个人为主的自由科学研究变成了以组织为主的团队合作研究，科学界的冲突也随着科研组织的发展而日益加剧。科学家容易在他们的时间安排、研究偏好、社会价值观、成就评价、经济利益等方面发生冲突，科学共同体内所有的成员都要在冲突面前寻求平衡。有些冲突能够通过适应和赞成科学共同体内共同遵守的科学规范个人解决，有些冲突涉及到雇用单位、政府、赞助机构以及社会公众，不同冲突的解决办法取决于冲突的性质以及当事人的职责、应变能力。
一个科学家的学术生涯包括各种选择：研究什么样的问题、使用什么样的方法、引用哪些文献、如何收集和获得数据、如何解释数据、如何进行交流、对谁进行交流。科学家们也面临着如何分配精力满足不同需求：教学、公共服务、学术服务、实际研究、管理与协调人员、寻找资助。多种因素影响科学家的精力分配。有的任务来自于组织，有的决定受到激励系统的影响，有的选择则反映了个人的性格和个体所出的背景。激励系统也是变化的，包括个人收入、工作的安全感、研究基金、职业声望等等。
组织行为学把冲突划分为三类：即个人的心理冲突、组织中个人之间的冲突和组织与组织之间的冲突。个人的心理冲突，表现为当一个人面临两种互不相容的目标时，所体验到的一种左右为难的心理感觉。组织内个人间的冲突，是指组织内两人或两人以上由于意见、情感不一致时发生的分歧状态。组织与组织之间产生的矛盾是组织与组织的冲突。一个较大的科研组织可能包含很多个科研小组，而每个小组由几个科学家组成。科学家与科研小组之间、科研小组与科研组织之间、科学家与科研组织之间都会产生冲突。
1）科研组织中冲突的根源。
①确定目标。即科研组织有共同的大目标，科研小组又有分解后服务于组织的小目标，个体科学家有服务于小组的小目标，有的科学家甚至有与组织无关的个人目标，这些具体目标之间是不同的，甚至是相互冲突的。目标不一致往往科研组织产生冲突的最根本原因。
②）确定时间。与确定目标相仿的是，科研组织内不同科学家对需要多少时间才能取得工作成果这个问题，期望也有很大差别；科研组织的一个小组或者个体科学家可能很快会取得工作成果，而另一个小组或许除了耐心等待之外，别无他法，这种情况称之为确定时间上的分歧。
③工作的具体性质，即科研组织内的某些小组能产生具体的、可直接衡量的成果，如进行应用研究的小组；而另外的一些小组很难在某一时间里确切地观察和衡量其成果，如进行基础研究的科研小组，因此两类小组对组织的贡献等问题上看法必然存在分歧，这种重大分歧也可能导致组织之间产生冲突。
④相互交往的频率。在科研小组内，科学家之间一般能进行相当频繁的交往，他们可以相互了解得透彻，由此能更好地理解别人，使彼此能较好地沟通；但科研小组与小组之间的交往常常没有那么频繁。相互之间缺乏理解和沟通，在相互协作的过程中也可能产生冲突。
⑤地理上的分离。两个科研小组通常不可能在同时同地活动，组织愈大，小组可能离得愈远，导致相互的误解和不协调，容易在一个组织里产生“我们—他们”—即我们组织对别的组织…这样一种综合症。
⑥对稀缺资源的争夺。大多数科研组织的资源是有限的，有时甚至很紧缺，就可能在组织间出现争抢的问题，有时会相当激烈；在这种时候，组织领导者必须明确，一方的胜利便意味着另一方的失败，这也是引起冲突的不可忽略的因素。
⑦工作任务不明确，并且又缺乏指导和必要的职权划分，而不必要地引起科研组织间的冲突，使问题更加复杂化。
⑧权威的不明确。一个科研组织内缺乏真正的正式的领导，即这个领导缺乏权威，组织的任务和目标失去有力的控制。成员之间各自为政，无法协调统一。
⑨责任的不明确。像其他组织一样，科研组织讲究责权利的平衡统一，责任不明确是指组织内的成员没有人能够或者愿意承担责任，特别是当与机会产生某种不良后果时。
⑩报酬系统。每一个科研组织的报酬系统必须兼顾公平和效率问题。公平是指每个成员至少在某些方面受到同样或类似的待遇，效率是指应根据组织成员的贡献大小给与报酬。过分的追求公平导致大锅饭，使效率减小；过分的追求效率则导致组织矛盾的极化。
2）科研组织中科学家之间的冲突的表现。
①由于认识上正确与错误、先进与落后、创新与守旧等因素造成的冲突。
②由于科学家价值观的不同造成的冲突。价值观反映一个人对事物的是非、善恶、好坏的评价。评价不同，当然难免发生冲突。
③由于信息沟通不良造成的冲突。一个科研组织中不同的科学家有不同的信息沟通渠道（正式的或非正式的），彼此之间又互不通气，从而容易造成冲突。
④由于个人的本位主义思想造成的冲突。科研组织中每个科学家都在一定的部门、岗位上工作，在处理问题上有时首先想到的是本群体或者个人的利益，而对组织整体利益或他人利益考虑较少，这样就产生冲突。
⑤由于人的心理行为习惯的差异造成的冲突。人的心理行为习惯多种多样、各不相同。比如有的人性情温和，有的人性情暴躁；有的人性格内向，有的人过于外向等等。当不同心理行为习惯的人相处或共事时，有可能引起冲突。
⑥由于工作竞争引起的冲突。社会中普遍存在着竞争的现象，组织中成员之间也有竞争。正常的竞争能促进成员积极向上，奋发图强。但如果过于片面强调竞争，不注意处理好相互合作的关系，可能会引起成员间的冲突。
3）处理冲突的模型。
关心他人的利益与关心自己的利益是对待冲突的两种基本动机，它们的不同组合构成了处理冲突的5种不同的类型：竞争、合作、回避、宽容和妥协，如下图所示。
4、几种特殊类型的冲突：精力冲突、良心冲突、利益冲突、裙带关系
1）精力冲突。
科学家的精力冲突不同于利益冲突。科学共同体的成员进入研究有确定的期望。新手希望得到导师的指导、商讨和教诲，而负有义务的导师通过衡量时间或者新手的潜质而不提供适当的指导。他们还要服务于学术委员会、各种协会或者居民委员会之类的组织。科学家越来越多地被号召作为政策、法律、司法等方面的专家来服务。他们是科学家，必须拼命完成论文，到外地进行学术交流与演讲。新手需要让时间满足多重需要：正式课程的学习、考试、资金压力、从事研究活动的文献检索、实验设计和实施。新手的最大冲突来自于如何分配时间进行科学研究、寻找赞助资金和扩大个人关系网。
那些不乐于参与社会活动的科学家，特别不希望额外事件来打乱他们的生活和工作，占用他们的精力，浪费他们的时间。例如，科学家在获得诺贝尔奖后，种种要求纷至沓来：提出建议、发表演说、写评论文章、更多地参与决策和负担别的社会义务，使得这些科学家感到不快和烦恼。弗朗西斯·克里克在获得诺贝尔奖之后，为了应付洪水一般涌来的各种要求，设计了一种通用的谢绝书，上面写道：“克里克博士对来函表示感谢，但十分遗憾，他不能应你的盛情邀请而：给您签名、为您的事业出力、赠送照片、阅读您的文稿、为您治病、做一次报告、接受采访、参加会议、发表广播讲话、担任主席、在电视中露面、充当编辑、赴宴后作演讲、写一本书、充当证人、接受名誉学位”。＇4＇
2）良心冲突。
职业选择中个人信仰的坚持是一个决定性因素。当科学家被要求对一些科项目做出评价，意见是当事人不能接受而科学家坚持个人的观点时就会产生良心冲突。这种冲突有时并不涉及到财政赞助或者个人收获，即与自己研究或者教学的任务并不抵触。例如，一个