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尽管校政繁忙，生活处于动荡不定的乱世之中，竺可桢本人却也从没有放弃过读书、研究，他的日记有时候就是密密麻麻的读书心得。从1936年4月到1944年底，他在中外报刊发表各种论文多达三十九篇，其中代表性的科学史论文《二十八宿起源考》颇受中外好评。从1945年到1949年（包括出国半年多、复员及应付学潮特别紧张之年），他也发表了专业和通俗论文五篇。但1946年7月27日，当他在返回杭州的车上读到美国的《气象学报》1945年12月号时，仍禁不住感叹“其中多创作，余均不解所云。十年校长，已成落伍之气象学家矣”。
在竺可桢身体力行的倡导下，浙大的学术讨论之风盛行，教授与教授之间常常为学术问题争得面红耳赤。即使在纸张紧缺、环境险恶的抗战期间，浙大的学术刊物定期或不定期的也保持在二十多种，各种学术纪念报告会不断。例如，遵义时期的“徐霞客逝世三百周年学术讨论会”、“伽利略逝世三百周年报告会”、“达尔文进化论与遗传学讨论会”，竺可桢不仅亲自主持，而且还作了重要的学术演讲。
在如此浓厚的学术氛围中，我们不难理解当年的浙江大学，从理工农科到人文学科，像陈建功的三角级数、苏步青的微分几何、王淦昌的原子核物理、谈家桢的遗传学、蔡邦华的昆虫学、卢守耕的稻作学、吴耕民的果树学、夏鼐的考古学、张荫麟的中国史纲、谭其骧的中国历史地理学等，何以都具有第一流的学术水准，站在了当时各学科的前沿，在海内外享有声誉。谈家桢回忆说：“就我来说，回顾自己的一生中，最有作为的就是在湄潭工作时期。我的学术上最重要的成就就是在湄潭县‘唐家祠堂’那所土房子里完成的。现在回想起来，应该好好感谢竺可桢先生，因为他为我们创造了这种美好的研究环境。有时，我和著名教授苏步青、王淦昌等欢聚的时候，回忆那时情景，大家兴奋地说：‘在湄潭是我们最难忘的时刻啊！’不禁洒下了欢欣的热泪。”当年，英国的李约瑟在看到他们在土房子里写出的具有世界水准的学术论文后大为震动，禁不住感叹地说“浙大是中国最好的四个大学之一”，是“东方之剑桥”。
二
为了保持学术自由，竺可桢强调“对学校应能自治，以维护大学之尊严”。他认为大学的主要使命有三个，一是造就具备智仁勇的完人，二是奠定学有专长的根基，三是养成自己独立思想的习惯和能力。1944年7月1日，抗战胜利在望，他提出“抗战结束以后，大学即须恢复常态，使他有学术自由的空气”。1945年4月1日，他在重庆和朱家骅、陶孟和等谈到战后高等教育时提出，大学要有学术自由，不能用标准化办，课程必须简化。
同年9月3日，他读到《大公报》社论《教育复员》“关于大学的精神和风气，主张培养自由研究学术的空气”时显然同意这些观点，所以才会抄在自己的日记中，但同时又批评《大公报》的文章“有许多处说来好像隔靴搔痒。有暇当为文论之”。9月12日，他即写下《我国大学教育之前途》一文，称：“大学能彻底地培养理智，于道德必大有裨益。凡是有真知灼见的人，无论社会如何腐化，政治如何不良，他必独行其是。惟有求真理心切，才能成为大仁大勇，肯为真理而牺牲身家性命。……许多人之所以盲从、自私、贪污、卑鄙，只是未能彻底明白事理。”
从一开始当校长竺可桢就想争得办学的自主权，他提出的三条要求中就包括“用人校长有全权”这一条，得到了蒋介石的口头承诺，在以后的十三年中大致也做到了。1946年7月19日他在日记中说：“对于教育与政治总以为不应过于接近。”他还说过：“关于政治党派余均不感兴趣。”由于他兼收并蓄的气度和胸怀，在他主持的十三年中，浙江大学是超越于党派之外的，倾向国民党的教授张其昀也好，无党派的自由主义教授费巩也好，倾向左翼的教授严仁赓、张君川等也罢，都能施展自己的才华，安心从事教学、研究，并不因为政治态度而有所偏废。浙大“无门户党派之争”让他一直引以自豪。竺可桢多次指出，“办教育之基本信仰与警察厅长不同”，“对办大学的基本信仰，必须有人人可以为圣人之信仰，然后可以办教育”。他认为在一个政治动荡的时代，学校更不应加入政党纷争之中，“余来此乃办学校而非办党也”。他说自己“素来对于政党毫无兴趣，而且深深痛恶陈立夫的作风和宋子文、孔祥熙的贪污”。这是他之所以多次拒绝加入国民党的原因。本来国民党规定只有党员可以担任训导长，但他认为聘训导长的标准应该是“资格极好，于学问、道德、才能为学生所钦仰而能教课者为限”。在他心目中，先后做过训导长的费巩、苏步青等大概都是这样的人。
1942年浙大反孔游行后，他对马国钧袒露了自己的心迹：“目前，国立大学的校长们中，只有我和梅贻琦先生两人，还不是中国国民党的党员。我深知，政治上许多事极为复杂。如果我不顾大局，只图意气用事，立即辞职的话，不幸引起其他枝节来了，我将何以自处？顾全个人容易，顾全大局维艰！”
国民党强硬势力将浙大称为“共匪之租界”，实际上竺可桢本人从来不赞成部分学生热衷左翼政治，认为“学校为社会之缩影。因政治不安定，所以学生喜作政治活动，但学生对于政治可以有主见，不能有活动”。“学生应埋头求学问，否则从军可也。在学校闹党派，则不特于抗战无益，学校亦不成其学校。”针对各种非议，他多次在日记中说：“知外间批评浙大，谓余放纵学生自由，甚至纵容共党。此种一无根据之谈，本不足辩，惟众口烁金，难免人之轻信耳。”1946年6月12日，他在与马寅初争论时说：“余并不赞成现政府之政策，孔宋贪污，余所痛恨，但吾辈存心须公平。”1947年6月7日他在太平洋船上读白修德所著《中国之震雷》，“对于政府攻击不遗余力。所叙多为事实，但对于共产党则赞扬备至，不免偏激。……闻国内对于此书禁止购买，则大可不必也。诗云：‘他山之石，可以攻玉’”。浙大学生自治会主席于子三被杀害后，他在11月10日的校务会议上说：“余同情于子三之惨死，但并不同情于其政治活动。学生在校，尽可自由信仰，但不得有政治活动。”1948年2月14日，他批评学生自治会代表说：“自治会对政治兴趣太浓、舆论太偏、手腕太玩弄。”“但过去自治会所出之《浙大周刊》、《求是周刊》以及学报，对于学术文字完全不载，满篇都是骂政府之文字，无怪乎外人以浙大为共产党之集中地也。”4月13日，他召集会议讨论学潮问题时称：“以今昨两日申、新及杭州《正报》所登浙大为共产党所策动中心，故迟早军警必来校捕人，而学生尚不自检点，到处张（贴）反政府骂人以及侮辱元首之壁报。”12月13日，他与浙江省主席陈仪谈话时坦承“校中壁报确为左派学生所操纵，校中自应加以取缔”。当天下午他去看壁报，“在壁报上见到捧张学良、杨虎城之文。大致说来，可谓一致反对政府之言论，无怪乎外间攻击浙大为共匪张目之中心矣。许多新闻译自《字林西报》，但均为对于政府不利之消息，盖得自共产党广播者也”。1949年1月2日晚，他观看了学生游艺会，其中有“讥讽政府”的《逃》、《皇帝与太阳》等话剧。4月5日晚，他带着孩子去参加浙大合唱团春季音乐会，合唱中有浙大音乐教师沈思岩作曲的《贵州谣》、《八月葵花》等歌曲，他在日记中说“均嫌政治气味太重”。
对青年学生的普遍“左”倾竺可桢有自己的看法。在1948年12月20日的日记中他以气象学家赵九章为例说：“九章于二十年前曾在工业专门为学生，后以思想‘左’倾被校中所知，几于开除，乃离校，但目前可称为‘右’倾阶级矣。可知‘左’倾‘右’倾，于年纪大有关系也。”
国民党五中全会后，要求大学校长必须是国民党员，竺可桢对此很反感。1938年5月30日，他在日记中提及张其昀和陈训慈带来陈布雷的信，要他加入国民党，他认为“国民党之弊，在于当政以后，党员权利多而义务少，因之趋之若鹜，近来与人民全不接近。腐化即由于此。拉拢若干人入党，殊不足改此弊”。1939年3月8日，又有人要竺可桢填国民党入党书，他再次拒绝了，称“但以作大学校长，即须入党，实非办法也”。到1940年前后，竺可桢成了惟一不是国民党员的大学校长。1940年8月，竺可桢居然不顾压力，邀请不是国民党员的费巩出任浙大训导长，而当时国民党当局规定这一职务必须是党员才能担任。以后他虽被迫填写过入国民党志愿书，甚至缺席被选为中央委员，但从未付过党费，也未参加过该党的会议。他在日记中表示：“余对国民党并不反对，但对于入党事极不热心，对于国民党各项行动只有厌恶憎恨而已。……近来党中人处处效法德国纳粹，尤为余所深恶而痛绝。”1948年10月4日，竺可桢在日记中大骂宋子文祸国殃民，认为宋之罪“贪污犹其次，而刚愎自用、不学无术，罪为尤大也”。11月2日，他谴责金圆券吃人，“因此遂无人敢信任政府矣。……如此政府安得不失败哉！”竺可桢曾在日记中说，如果孔祥熙能明正典刑，“则可大快人心耳！”所以抗战胜利后，陈布雷、陈雪屏几次来信要竺可桢重新登记为国民党员，他都复信拒绝了。
直到1949年离开浙大，竺可桢在十三年中都坚持超越于党派纷争之外，完全以一个独立知识分子的面目办大学。他公开主张，“大学是超政治的，三青团不应进入大学”，“大学中不应再有党部，即青年团亦只能作为一种服务团体，如青年会然。学生对于政党信仰完全自由，但不应作政治活动”。有一次，竺可桢曾索看过三青团浙大区团部的报告，“其中三次说及学校环境不适于青年团”。这绝不是偶然的。他认为：“学校之内，毋望有党派之纠葛情事。曾见若干学校，大部时日，浪抛于‘摩擦’之一途，斯诚堪为痛心。以是深冀在教授间无留美、留英之别，在同学间勿执着同乡观念，更毋有‘左’派‘右’派之分。求学时期，固应以全力从事于学术上之研究也。”1948年7月5日，他进一步说：“目前苏联供给我们以马列主义，美国供给我以白米面包，但吾人而有知，应该有独立之思想，不能人云亦云，食人唾余更属可鄙。”
1948年8月8日，竺可桢和浙江省主席陈仪谈及大学思想，认为“办大学的方针以开导为主”。对竺可桢的选择，国民党当局当然不满，一方面他们一再想拉竺可桢去台湾，一方面却又将他与许多有骨气、有人格的知识分子一同列入“和平分子”的黑名单（1949年4月15日，竺可桢的朋友周普文告诉他，周曾见到过特务人员的两张黑名单，一张是“反动分子”，一张是“和平分子”，很多知识界朋友都榜上有名，竺可桢也名列其中）。同时，左翼学生也对竺可桢不是一边倒的选择不满，1949年5月他们曾在浙大校内的壁报指责他：“受英美�