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一岁时他母亲在生第五胎时死去，他父亲又和一个布列塔尼省的女人结婚，老夫妇长期住在布列塔尼省的雷恩。勒内。笛卡尔自幼失去母爱和父亲的关怀，这也许是他生性孤僻的一个原因吧，加上他身体孱弱，给他一生带来深重的影响。虽然如此，他居然成为欧洲近代哲学的创始人（英国的培根可以说是欧洲近代哲学的预示者，尽管这种看法对于有些人说是有争议的）、法国人的骄傲，这固然是由于他一生勤奋好学的缘故，但最重要的我认为还是与他在青年时期就走出书斋到社会上去接受时代的影响分不开的。
我们知道，十七世纪的西欧形势正处于封建社会制度开始崩溃，而新兴的资本主义社会制度正在萌芽的时代，近代科学正在兴起，天启神学已经解释不了自然科学的成果，垄断整个中世纪思想的经院哲学已经成为令人厌恶的东西。所有这些都在青年笛卡尔身上发生巨大的影响。
他在八岁时（1604年），被送到法国国王亨利第四创立并由耶稣会神父们经办的欧洲当时最有名的学校之一——拉夫赖公学，在那里学习拉丁文、希腊文、诗学、物理学、数学、逻辑学、道德学、形而上学等等课程。耶稣会神父们给他的教育在当时可以说是全面的、高级的，这给他一生的学术生涯打下了稳固的基础。当然，在宗教信仰的教育方面，耶稣会神父们对他也从来没有放松过，而他一生也始终不渝地以一个忠实的天主教徒自居，即使在他后来长期居住在新教国家荷兰，他也非常骄傲地自称“我是天主教徒，身上流着法国人的血”。
笛卡尔于1616年被授予法学硕士学位。他虽然学了很多书本知识，但不满足，他要走出去学学“世界这一本大书”。机缘凑巧，正值尼德兰北部的几个省（即荷兰）联合反对西班牙殖民统治的战争爆发。
法国是荷兰的同盟国，同盟军由莫里思。德纳索亲王率领。1618年，二十二岁的笛卡尔和当时许多贵族青年一样，带着一个仆人，自费到荷兰从军，当了一名军官。1619年笛卡尔脱离了新教徒德纳索的军队，又参加了巴伐利亚公爵的天主教军团攻打波希米亚国王的战争。他好象并没有实地作战过，不过借从军的机会走了很多地方。脱离军队后，他又到处旅行，几乎走遍了当时包括捷克斯洛伐克在内的全部德国。他到过匈牙利、奥地利、波希米亚、丹麦、英国，后来又到瑞士、意大利，最后定居于荷兰。旅行中，他结识了很多著名的科学家，这些科学家都给过他很多启示和帮助。
十七世纪初欧洲虽然仍处在极权主义的封建统治之下，经院哲学仍控制着哲学思想，但自然科学已初步挣脱了宗教的桎梏，逐渐走上发达的道路，构造比较简单的机器已不断地被创造出来，并且在使用方面逐渐得到推广。伽利略于1611年制成了天文望远镜，初次看到了以前用肉眼看不见的许多天体星像，进一步证实了哥白尼的太阳中心论。刻卜勒发现了行星运动的三个定律。哈维创造了血液循环理论，把医学、解剖学和生理学大大推进一步。而笛卡尔的朋友中也多是科学家，比如比克曼（Beeckman），麦尔赛纳（Mersenne）都是著名的物理学家、数学家，惠更斯（Huyghens）是数学家、物理学家、天文学家。笛卡尔自己则研究过物理学、光学、天文学、机械学、医学、解剖学等，而以数学方面的成就最为著名，把代数用于几何学而发明解析几何的就是他。从1629年到1633年，他总结了这些年来他的自然科学研究的成果，开始撰写《论世界》（包括《论光》和《论人》），在这本书里他打算一步步地解释自然界的一切现象，比如行星的形成、重量、潮汐、人体等。但就在1633年，伽里略由于发扬了哥白尼的太阳中心论、主张地球围绕太阳运转而受到宗教裁判所的监禁，笛卡尔被吓住了。终于不敢把《论世界》拿出来问世，一直到笛卡尔死后二十七年才出版。1648年他又写了论人体的描述，于1664年由他的朋友克莱尔色列以《论胎儿的形成》之书名出版。《论人》和《论胎儿的形成》都是关于生理学的书。在这两本书里，他把人体完全看成是机器，人的五脏六腑就同钟表里的齿轮和发条一样，拨上弦它就能动，而血液循环就是发动力，外界所引起的感觉由神经传到大脑，在松果体里告知“动物精气”（也称“动物灵魂”），由动物精气发布对付的命令。
笛卡尔在这一点上无疑是曾写过《人是机器》一书的法国十八世纪唯物主义者拉美特里的先驱。
笛卡尔的时代是奥古斯丁的经院哲学占学术界统治地位的时代，奥古斯丁哲学虽然反对亚里士多德哲学，因而也与阿奎那的哲学对立，但无论如何，天主教神学究竟是与科学水火不相容的。拉夫赖公学为伽利略发明天文望远镜而举行的狂热庆祝活动给青年笛卡尔留下深刻的印象。通过天文望远镜可以看到月球并不是象肉眼所看见的那么平坦，而是凹凸不平的山川河谷，同时也看见木星的卫星、太阳的黑子，以及一大片从来没有看见的天体。这使得青年笛卡尔为之欢欣鼓舞。但是，过去认为几十丈以上的上空就是上帝所在的天堂，而今地球围绕太阳这一转动，转得天翻地覆，天堂、地狱哪里去了？
赏善罚恶的人格上帝居于何方？主张无神论吗？不行。1633年伽里略受到宗教裁判所的严厉处分无异是给了笛卡尔一个严重警告。当年7月22日给他的好友麦尔赛纳神父的信中说：这个事件“使我大为震惊，以致我几乎决定把我的全部手稿都烧掉，或者不拿给任何人看。……我承认，如果〔地球是动的〕是错误的话，那么我的哲学的全部基础也都是错误的，因为这些基础显然都是由它证明的，而且它和我的论文是紧密相连的，去掉它则其余部分都将不成体统了。”笛卡尔曾下定决心不再发表任何论文；但由于麦尔赛纳以及其他朋友们的敦促，他又于1635年开始写《折光学》、《大气现象》和《几何学》，于1636年12月写完，由于出版商的催促，匆忙地写了一个序言，几经斟酌之后，定名为《谈为了很好地引导其理性并在科学中探索真理的方法，外加折光学、大气现象和几何学，它们是这个方法的实验》。由于书名太长，简称《谈方法》作为三篇文的序言，出版于1637年。麦尔赛纳曾劝他把书名用“论”（Traité）好，笛卡尔说该书只是个“意见”（Avis），不敢称“论”，最后决定取名“谈”（Discours）。
笛卡尔于1628年到荷兰定居。在他去荷兰之前，曾用拉丁文写了《指导精神的规则》（简称《规则》）。该书一直到他死后五十一年（1701年）才出版。1629年他写了关于形而上学的小册子，没有写完就中断了。1639年11月至1640年3月他用拉丁文写了他的一本主要哲学著作《第一哲学沉思集，其中论证上帝的存在和灵魂的不灭》，但书中没有讲到灵魂不灭，只谈到灵魂与肉体是有分别的。麦尔赛纳劝他把书名改一改，笛卡尔没有同意，认为这个提法会引起巴黎神学院的重视，直到1642年再版时才把“灵魂不灭”
改为“灵魂与肉体的区分”。书成后，他先后接到哲学家们和神学家们六组反驳意见，笛卡尔都一一做了答辩。六个沉思和六组反驳及答辩于1641年出版。据笛卡尔自己说，这本书虽然是有关形而上学的，但他的全部物理学原理都包含在内。
1642年，笛卡尔开始用他未出版的《论世界》的内容写了一本哲学大全，献给被推翻了的波希米亚国王菲德利克的女儿伊丽莎白公主，于1644年用拉丁文出版，书名《哲学原理》，一部分是他自己翻译的，一部分是别人翻译由他审阅过的法文翻译本于1647年出版。
《哲学原理》本来打算包括六个部分：《知识原理》（即形而上学原理）、《物理性的东西的原理》（即物理学原理）、《天》、《地》、《植物和动物》、《人》，最后只写了前四个部分，后两个部分因缺乏材料没有写成。
笛卡尔在《哲学原理》里把人类全部知识比做一棵树，树根是形而上学，树干是物理学，树枝是分门别类的各种科学。因此他一反经院哲学的惯例，先讲形而上学。
1649年又出版了《论灵魂的激情》，献给伊丽莎白公主。这是他最后的一部著作。
这时笛卡尔的哲学学说早已轰动一时，但终于因为与基督教会的宗教哲学不合而遭到禁止，他的书也被罗马教廷列为禁书。笛卡尔在荷兰定居达二十一年之久，一方面为了隐居，同时也是避难。他在荷兰曾迁居过二十四次，换过十三个城市，他的来往信件都由他在巴黎的好友麦尔赛纳转寄。布鲁诺的结局和伽利略晚年的遭遇吓坏了他，因为不但在科学方面他是天主教义的敌对者，即使是在哲学方面他也是教会御用的经院哲学的叛逆者。
由于瑞典女王克丽斯蒂娜（当时二十岁）三番五次的邀请，笛卡尔于1649年9月1日登舟去瑞典，得到克丽斯蒂娜的盛情款待；但由于要清晨很早上朝，违反了他清晨睡觉的习惯，而瑞典的冬天的气候又太冷，他着了凉，不幸病倒了，于1650年2月11日死于肺炎，终年仅五十四岁。
译者第一哲学沉思集致神圣的巴黎神学院院长和圣师们先生们：鉴于我向你们提出这本书的动机是正当的，而且我深信，你们在了解到我写这本书的用意以后，也会有正当的理由把它置于你们的保护之下，因此，为了使它在某种程度上可以说是值得向你们推荐的书，我想最好是向你们简单地说明一下我是怎么打算的。
我一向认为，上帝和灵魂这两个问题是应该用哲学的理由而不应该用神学的理由去论证的主要问题。因为，尽管对于象我们这样的一些信教的人来说，光凭信仰就足以使我们相信有一个上帝，相信人的灵魂是不随肉体一起死亡的，可是对于什么宗教都不信，甚至什么道德都不信的人，如果不首先用自然的①理由来证明这两个东西，我们就肯定说服不了他们。特别是罪恶的行为经常比道德的行为在今生给人们带来的好处要多得多，这样一来，如果不是因为害怕上帝的惩罚和向往来世的报偿而在行为上有所克制的话，就很少有人愿意行善而不愿意作恶的。不错，我们一定要相信有一个上帝，因为《圣经》上是这样说的；同时我们一定要相信《圣经》，因为它是来自上帝的（这是因为：“信仰”是上帝的一种恩赐，上帝既然给了我们圣宠使我们相信别的东西，那么他同样也能给我们圣宠让我们相信他自己的存在），不过这个理由不能向不信教的人提出，因为他们会以为我们在这上面犯了逻辑学家们称之为循环论证的错误。
①即不是神学的，而是人类理性的。——译者（以下凡圆码注，均为译者所加）老实说，我已经看出，你们，以及所有神学家们，你们不仅肯定知道上帝的存在是能够用自然的理由来证明的，而且也肯定知道从《圣经》里推论出来的关于上帝的认识比人们关于许多造物①的认识要清楚得多，并且事实上这�