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4、翰林院。翰林院掌管修史撰文。长官为掌院学士，由满、汉各1人担任。属下有侍读学士、侍讲学士，各由满洲2人、汉族3人担任。又设侍读、侍讲，各由满洲3人、汉族4人担任。
5、5寺。5寺为太常寺（管祭祀）、大理寺（管审判）、太仆寺（管车马）、光禄寺（管典礼）、鸿胪寺（管交际）。历代多设司农寺，明清未设。太常寺、鸿胪寺：都是设专管事务大臣1人，由满人尚书承担，另设卿与少卿。卿，两者都是满、汉各1人。少卿，两者不同：太常寺是满、汉各1人，鸿胪寺是满1人，汉分左、右少卿，各1人。大理寺、太仆寺、光禄寺，长官俱为卿，满、汉各1人；副长官为少卿，满族1人，汉族2人。
6、国子监。国子监是掌管国学政令机关。设管理监事大臣1人，从满、汉大学士中挑选，由皇帝任命。属官为祭酒，满、汉各1人。还有司业和监丞等。
7、钦天监。钦天监掌管天象，推算历法。设管理监事王大臣，无定员，由皇帝任命。长官为监正，副长官为监副，均由满、汉各1人担任。
二、地方机构和职官
（一）省级
1、一般行省的主要官吏：总督和巡抚是最高行政长官，称封疆大吏。全国设8个地方总督：直隶、两江、两广、闽浙、四川、云贵、陕甘、湖广。巡抚1省1个。
省有两大机关：承政布政司和提刑按察司。前者负责民政和财务，后者负责司法和监察。主管分别是布政使和按察使。布政使和按察使各有自己的辅助官——道员。属于前者的称守道，属于后者的称巡道。
2、特殊行政区
1）顺天府
设兼管府事大臣1人，府尹1人，府丞1人。
2）东北地区
东北地区是清朝的发祥地。盛京（今沈阳）为陪都，设户、礼、工、刑、兵5部。各设侍郎1人为长官。又设奉天府，设府尹1人，盛京将军1人，副都统3人，分居盛京、锦州、熊岳城。吉林、黑龙江地方设将军，掌管军政，再设副都统辅助。
3）少数民族地区
新疆地区：八旗驻防，置新疆提督1人，伊犁将军1人，都统、办事大臣各1人。
内蒙古地区：八旗驻防，设绥远城驻将军1人，副都统1人。
外蒙古地区：八旗驻防，设乌里雅苏台定边左副将军1人，参赞大臣2人及科布尔参赞大臣、办事大臣各1人，库伦办事大臣、帮办大臣各1人
青海地区：设西宁办事大臣1人。
西藏地区：设驻藏办事大臣1人。
4）专职性地方机构
漕运。长官为总督（1人），属下为督粮道（8人）。
河道。长官为总督（开始1人，后3人），属下有同知、通判。
盐政。长官开始是御使，后来是大督抚。
教育。长官是学政，每省1人。
关税。清初至鸦片战争，征税关口分为“户关”和“工关”。
前者负责征收百货税，后者负责征收竹木、盐茶税。设监督1人。鸦片战争后设洋关。长官为税务司，用洋人。
（二）府级
府是省的二级机构，长官是知府，京师所在府称府尹。属下有同知、通判。同知管钱粮，通判管粮运、水利。
（三）县级
县是府下机构。长官为知县，属下有县丞、主簿、典史、巡检，分管政务、户籍、赋税、巡捕、诉讼、文教。
清末官制改革，地方官职只有小变：（一）光绪朝建立东三省：奉天（今辽宁）、吉林、黑龙江。裁撤东北地区的将军、都统与副都统，改设巡抚。（二）学政改为提学使，按察使改为提法使。
鸦片战争后职官的调整
清朝在鸦片战争中失败，中国进入到半殖民地半封建社会，政治上失去了完全独立的地位。由于列强的胁迫和清朝本身图存的原因，不断调整官制，或增或减或并。除增减的以外其他仍旧。
1、道咸同三朝的职官的调整
1）增设五口通商大臣与三口通商大臣。五口：广州、厦门、福州、宁波、上海；三口：天津、牛庄、登州。这是临时涉外机构，道光二十二年（1842）设立五口通商大臣，办理外交和广州、厦门、福州、宁波、上海5口通商事务。最初由两江总督兼，二十四年改由两广总督兼。第二次鸦片战争后通商口岸增加到16个，上海成为通商和外交中心，于是咸丰八年复由两江总督兼。咸丰十年，五口通商大臣改南洋通商大臣。清末，南洋指江苏、浙江、福建、广东沿海地区。三口通商大臣设于咸丰十年，管理三口通商事务，兼办海防。同治九年改北洋通商大臣。北洋，清末指奉天（辽宁）、直隶（河北）、山东沿海地区。
2）增设总理各国事务衙门。咸丰十年（1860）设立，光绪二十七年裁撤。始以办理外交为职责，后来扩大到通商、海防、关税、传教和洋务诸项事务，成为军机处之外的一个中枢机构。官员分大臣和章京两级。大臣有一名首席大臣总领（首位总领大臣是恭亲王奕䜣，任职28年，第2位是庆亲王奕劻，任职12年），有几位总署大臣，不定额。有办事章京4人，帮办章京2人。
总理各国事务衙门的下属机构有同文馆、海关总税务司署。同文馆是同治元年设立，教授英、德、法、俄4国语言文字，后来又教化学、格致、医学。设管理大臣。属下有提调、帮提调。有总教习、教习，由洋人担任。海关总税务司署咸丰十一年设于上海，同治三年迁北京。管理关税行政与官员任免。设总税务司1人，副总税务司1人。南洋通商大臣何桂清任英人李国泰为总税务司，后来李国泰让位于英人赫德，该署长期控制在英国人手里，成为他们干涉中国内政和外交的工具。
总理各国事务衙门管辖三口通商大臣和五口通商大臣。
2、光绪朝职官的调整
八国联军进攻中国后，清廷实行“新政”，政府机构改革。光绪27年（1901）总理各国事务衙门改为外务部，撤通政使司、詹事府。设商部，后来与工部合并成农工商部。设练兵处，后来练兵处与兵部合并，改为陆军部。三十一年（1905）增设巡警部和学部。三十二年（1906），太常寺、鸿胪寺、光禄寺归礼部，大理寺改大理院，巡警部改民政部，户部改度支部，刑部改法部，理藩院改理藩部。太仆寺归陆军部，增设邮传部。至此，中央便有11部：外务、吏、民政、度支、农工商、陆军、法、学、邮传、礼、理藩。外务部设总理王大臣、会办尚书、侍郎等。学部长官为提学使，其他部主官为尚书、侍郎。罢东河（山东、河南）河道总督，湖北、云南、广东巡抚与福建水师提督。三十三年提刑按察使改提法使，各省增设巡警道，增设劝业道。
3、宣统朝的职官调整
宣统三年五月，诏改官制，成立责任内阁，下设10部：外务、民政、度支、农工商、陆军、海军、法、学、邮传、理藩。以总理大臣为最高长官，辅弼皇帝，掌握政务。各部长官以大臣代尚书，副长官则以副大臣代侍郎。
二、地方行政长官
从清初到宣统朝，地方实行3级政区（省、府、县）5级政府（督、抚——藩司、臬司——道员——知府——知县）制：省，康熙朝全国设18个：陕西、甘肃、湖北、湖南、江西、安徽、直隶、山东、山西、河南、四川、浙江、福建、江西、广东、广西、云南、贵州。光绪朝改为23个：上面18个加上新疆、台湾、奉天、吉林、黑龙江。府，183个；县，1358个。
武职职官
清朝军队由皇帝掌握。皇帝如果年幼未亲政，则由摄政王或太后代理。协助掌握军权的有议政王大臣会议、军机处和兵部，清末官制改革，则是军谘府、陆军部、海军部。
经制兵分八旗和绿营两个系统。各自的武官依职位高低可排列如下：
（一）八旗：将军、都统、副都统、参赞大臣、办事大臣、领队、城守卫、1904年的清朝九品武官（中立者）协领、总管、参领、副参领、佐领、防御、护军校、骁骑校。
（二）绿营：总督、巡抚、提督、总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总、外委。
湘军实行营制，有营官、哨官、哨长、什长。
练军头目名称与湘军同。
北洋海军设提督、总教习、总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总、管带，基本与绿营同。
新军陆军编制是军、镇、协、标、营、队、排、棚，头目有军统、统制、协统、标统、管带、队官、排长、正目等。
清朝职官有如下特点：
1。基本仿效明朝而又有变更。《清史稿·职官志》序言论及清朝职官史时说：“世祖入关，因明旧制。内自阁部，以迄庶司，损益有物。”无论中央还是地方官制，清朝基本上是依照明朝。但是它又根据政治上的需要和形势的变化做若干变更。例如为便于贯彻它的民族政策，设立理藩院；为加强皇室管理，设立独立于政府机构之外的内务府。鸦片战争后，被迫设立五口通商大臣和总理各国事务衙门。清末，为了自身的生存需要，欺骗民众，搞宪政。但它没有从根本上解决封建君主专制的问题，没革除政府腐败无能的弊端，未挽救得了它的失败命运。
2。重满轻汉。清朝是以满族贵族为统治者主体的封建王朝，人数少管不过来，于是联合汉族地主阶级进行统治。在官吏选择方面表现出明显的重满轻汉倾向。一些部门官员用满人，汉人不能沾边。内务府、理藩院就是。第二，重要职位基本用满人。清初的议政王大臣会议成员和总督就是基本上用满人。乾隆八年，杭世骏在时务策中说：“天下巡抚，尚满、汉参半，总督则汉人无一焉。”这种情况到同光时期才有改变。一些小官，例如驿丞、典史，满人则不屑为，只给汉人做。第三，满、汉待遇也不相同。顺治十六年前，内阁大学士，满员1品，汉人2品。第四，汉缺可以满人担任，满缺不能由汉人担任。
3。机构重叠。中枢机构在清初有议政王大臣会议、内阁、南书房和军机处。行政机构除六部外还有院、寺。
选举、品衔、俸禄、考核
选举
选举就是选拔录用官吏。
关外时期，实行世职制。努尔哈赤时官员从努尔哈赤的家族中挑选，第二要看才具。主管官员在八旗中均匀分配。皇太极时世职条件是军功和率部属投诚归附的情况，六部、三院的官员由贝勒大臣议定。
入关后清朝文职官吏选拔，基本按照明朝制度，有正途和杂途之分：
正途。《清史稿·选举志》：清朝文职官吏选拔沿袭明制，以科举考试为正途。通过科举考试成为进士的，殿试一甲一名状元授修撰，第二、三名（榜眼、探花）授编修，二、三甲进士授庶吉士（散馆后，经过御试授予编修、检讨、各部主事或知县）、主事、中书、推官、知府、知县等。举人三次考试未中，皇帝派王大臣挑选魁梧者授职，授予知县、州同、州判、县丞、盐大使等官。
康熙、乾隆时期还举行了博学鸿词的制