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海德格尔认为，这个大学建立之初，有四个事实值得注意：一、提出了已经建立的老大学以它们的种种设置和习惯无法承担的新任务。二、大学的重心不是放在外在的组织上，而是放在聘请和团结有天分的人、创造性的思想家和堪为表率的老师上。三、这个新大学主要和决定性的中心是哲学系。知识教育是由一个包罗万象的哲学倾向引导的，这个哲学倾向以知识的所有本质领域及其所属的工作方式的内在总体关联为目标。四、不能把这个大学的建立视为一个特殊的普鲁士的事情，洪堡明确想让它成为唤醒和创造性地提高德国精神的模范高校。因此，要尽可能限制国家的影响。大学在它伟大规定的基础框架上保有它的教学自由。
此外，这所新大学建立起来不是为了实用的技术培训，民族通过这所大学从它的历史精神中受到其自身本质的教育，学会遵守自己的法律，从而达到统一，国家的意志由此得到了表达。这种国家意志使大学成为一个自由教育之所在，给了它最高的使命。需要指出的是，德国古典哲学家对“国家”有自己独特的理解，海德格尔也秉承了这个传统。他们都认为国家并不是一个机械的法律机构，不是与经济、艺术、科学和宗教一样的一种人为设置，而是彻头彻尾以相互信任和相互负责的方式统治着的秩序，一个民族在这个秩序中并通过它实现自己的历史此在。正因为如此，国家不是通过干涉大学，而是通过让大学成其为大学，才能真正实现它的意志——让人民成为人民。
柏林大学建立起来之后，的确起到了示范的作用，那些老大学都以它为榜样来改变自己，从而在十九世纪三十年代到六七十年代，德国大学空前繁荣。一方面是历史的精神科学广泛地建立起来了，另一方面自然科学的各个领域也建立了很多机构，从这些机构中随即就出现了一些著名的研究者和教师。
但是，海德格尔指出，在这科学的繁荣中，已经隐藏着一个危险。科学的领域越来越宽，可知事物的材料也越来越多样，研究者越来越局限于一个单一的领域。与其他科学领域的总体关联被中断了；在单一科学的内部，整体越来越被忽视。生气勃勃的哲学天性从科学中退缩了。各门科学纷纷离开哲学的根基独立发展为一门门单独的科学。技术和技术思维的兴起加强了科学的单一化和去根化。程序和方法成了凌驾于一切之上的东西。另一方面，国家也越来越把大学视为其公职人员实用的、技术性的教育机构。到了一八七○年左右，德国大学就处于这么一种精神状态。从那时起到第一次世界大战爆发，这种已经存在于德国大学中的倾向一直处于上升状态，科学是在进步，一个发现又一个发现，直到无限；各门单一学科越来越国际化，为研究而研究成了原则；关于事物的文献比事物本身更重要，文献随即又成了出版商的生意经。
大学各个系科也不停地成为本身封闭的专业学院，每个专业学院都在自身展开了巨大的、富有成果的运作。各个系科只是通过共同的管理，和共同促进所谓文化的空洞意识，外在地凑合在一起。“我们可视大学为教师企业家的松散联盟”（詹姆斯•；杜德达斯：《二十一世纪的大学》，北京大学出版社二○○五年版），美国密歇根大学前校长在二十一世纪的话似乎印证了海德格尔在上个世纪对大学的观察。
在海德格尔看来，大学的危机虽然有种种体制和设置的表现，以及运作方式的转变，但其实质是大学失去了其本质。海德格尔后来说，《德国大学的自我主张》的核心就是要阐明知识、科学和科学形成的使命的本质，因为大学就建立在知识和科学的本质上。阐释知识与科学的本质就是从根本上拒绝纳粹所谓的“政治的科学”。
海德格尔一开始之所以对接掌校长一职犹豫不决，就是因为他考虑到会面临来自“新”“老”两方面的反对。“新人”一头扎进“政治的科学”，那完全是一个建立在伪造真理基础上的概念。“老人”则要坚持“专业”，促进专业发展，让课程变得有用（即实用），将每一种对科学本质基础的反思都视为抽象加以拒绝，或将它只是作为外部的点缀，并不真的认为它属于大学。为了对付这两方面的反对，海德格尔必须给知识、给科学正名，必须牢牢地奠定它作为大学本质的地位。
在校长就职演说一开始，海德格尔明确向他的听众指出：“德国大学是这样的高校，它从科学出发并通过科学，教育和培养德国民族的领袖和保卫者。”这是德国大学的本质。这其实就是在大学“从事精神活动的人”要“引导元首”的想法的一种冠冕堂皇而又隐晦的说法。这个想法显然有柏拉图“哲学王”思想的流风遗韵在。海德格尔坚持古希腊的道统，坚持以科学（哲学）作为德意志民族在危机中的指南，将精神与科学置于一切（包括政治）之上，也毫无疑问地证明了这一点。
海德格尔的这一做法，实际上是秉承了德国古典哲学以来德国哲学家的一个传统。这个传统从康德的《学科冲突》开始，中经谢林的《关于学术研究方法的演讲》，黑格尔的（（论在大学讲授哲学》，施莱尔马赫的《关于德国意义的大学的若干评论》，以尼采的《论我们教学机构的未来》作结，都以精神追求和民族未来与使命来规定和突出大学的本质。《德国大学的自我主张》同样如此。
在指出科学对于大学本质的根本意义后，他马上提出科学自身的问题：“在什么条件下科学才能真正存在？”海德格尔的回答是：只有当科学是哲学的时候，它才能真正存在，因为科学产生于古希腊哲学的开端。
古希腊人把理论理解为真正实践的最高实现。“对于古希腊人来说，科学不是一种‘文化财富’，而是整个民族一国家此在最内在确定的核心。对于他们来说，科学也不是使无意识成为有意识的单纯手段，而是洞察和把握整个此在的力量。”海德格尔认为，科学在后来两千五百年的发展，逐渐远离了自己的开端。尽管现代科学产生了很多成果，也有各种各样的“国际组织”，但科学的本质却被抽空和耗尽。只有服从古希腊哲学与科学的开端追问存在的命令，科学才能突破依据各个学科形成的条条框框，从它的支离破碎中恢复过来，变成“我们精神一民族此在的基本事件”。
海德格尔后来在一九三七至一九三八年冬季学期的一个讨论班上说，《德国大学的自我主张》是说：大学在追问本质中提出意志本身，由此并只由此在本己的任务和较高的形态中重新获得意志本身，即在大学这个场所中，科学可以为了自身的知识在其任务中保护自己，不断更新和成长。从表面上看，海德格尔似乎通过讲科学的独立性和纯粹性来对抗纳粹国家权力对大学的控制。当然有这个意思。在这个讨论班和其他一些地方，海德格尔对纳粹鼓吹的“政治的科学”（即我们中国人不陌生的要服从政治的科学）竭尽揶揄讽刺之能事。但不仅如此。对于海德格尔来说，大学的危机并不是纳粹掌权的产物；相反，他一度还以为“纳粹革命”有助于此危机的解决。他失足落水与此错误想法有很大的关系。从上述海德格尔对德国大学一个世纪的发展过程的回顾看，对他来说，大学的危机是现代性进程的必然产物。再者，科学（哲学）在他看来不是人精神能力的产物，而就是人的基本的存在行为。只有这样来理解科学，大学才能重新找到它的本质和改革的方向。或者说，要改革大学，得首先审视我们的存在！
对于海德格尔来说，大学师生的各种科学活动首先不是单纯的脑力劳动或精神活动，而是听命于民族和国家的共同知识的要求和决定的存在活动，是他们的此在，也是民族的此在。只有这样，才能把德国大学改造成为精神立法的场所。因此，他们实际上是在完成民族的使命。也就是说，在海德格尔眼里，精神活动就是一种政治活动，而政治活动只有成为精神活动的一部分才有其正当性。
然而，海德格尔不是为了科学本身的目的重新反思科学，而是通过反思科学的本质最深沉地激起和最广泛地震撼德国民族的此在，使她在一个“西方的精神力量已经衰亡，西方本身也开始分崩离析”的时代做出对存在本身的决断。这就是说，他对科学的谈论是哲学的，但其目的却是存在一政治的。所以科学原初和完全的本质是由民族的知识、国家命运的知识和精神使命的知识共同构成。追求这种科学本质为德国民族产生了一个精神世界，它要求在追求伟大和听任堕落之间做出坚定的决断，这决断将成为德国民族在未来历史中的践履法则。为此，一方面，大学教师和学生要承担起自己的应有责任；另一方面，科学（海德格尔意义上的）将成为塑造德国大学团体的力量。科学必须从内部来改造大学，从内部来改造不同的系科和学科。
从内部来改造大学，意味着对于海德格尔来说，大学改革不是在技术组织和机构上面做表面文章，而是要从大学的本质基础，也就是科学的本质基础，即从真理本质本身来更新大学。也就是要恢复发问者和认识者源始的、鲜活的统一。这不仅仅是知识的统一，更是知识与存在的统一、知识与生命的统一。这种与存在和生命统一的知识，就是哲学，只有哲学才既是存在的知识，又是人存在的方式。
然而，即使在今天，海德格尔关于大学改革的基本设想也是根本无法实现的，更不用说在纳粹的统治下。但是，在大学改革屡屡成为热门话题的今天，它是否还能成为我们思考这个问题的一个参照？恐怕多数人的回答是否定的。在哲学本身都越来越技术化（海德格尔意义上的）的今天，即使不管他与纳粹的瓜葛，在人们眼里，海德格尔有关大学改革的思想也是“唯心”或“形上”得可以，完全与时代潮流背道而驰，根本没有任何可行性。的确，在海德格尔看来，大学改革的根本目的不是按照一个理想图式或理念去改造大学或重新组建大学，而是事关我们对人类未来的决断。它只有目的，没有榜样，因为历史总是自己的历史，因而历史又总是不可重复与仿效的。
大学作为一种现代的制度和机构（虽然它产生于中世纪），并不是纯粹建立在理念上的，而是必然具有现代性的一些制度特征，服从它的运作逻辑。大学的理念最终会屈服于这些制度和逻辑。例如，在一九九六年德国政府编给外国人看的《德国概况》的小册子中，编者就称洪堡的大学理想越来越不符合现代工业社会的要求。
马克斯﹒韦伯在他晚年的一次演讲《学术作为一种志业》中曾对德国大学的“美国化”，即“走上美国大学的发展路线”忧心忡忡。在他看来，美国大学就是“国家资本主义形态”的企业，没有庞大经费，这些机构难以维持。既然是资本主义的企业，那就必然要服从企业的法则，而这�