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爱丽克斯与戈登本想利用城堡中的地下火车，直接逃出城市，不用像其他平民那样徒步逃离。但中途铁轨遭到破坏，火车报废，也就是说，两人不仅要徒步逃离，还要从不知多深的地下先返回地面（偷鸡不成蚀把米‘＋_－）。于是，两人逃入了C17的地下停车场，这里已经被僵尸所控制，而且，由于戈登在HL2时期的破坏，联合军在C17周围的防线已经崩溃，大量蚁狮进入了C17以及C17的地下停车场，为爱丽克斯与戈登的逃跑增添了困难。
不过，他们两个还是逃出了停车场，到达了地面，并与巴尼等人回合。他们希望能够将更多的市民疏散出去。联合军则在医院、火车站周围的街区部署了大量军队，阻止反抗军的计划。联合军中残余的国民护卫队成员也加入了阻截弗里曼的行动。
联合军的计划失败了，爱丽克斯与戈登不仅自己逃出了C17，而且还帮助其他许多反抗军成员与市民逃出了C17，巴尼也逃走了。不过，C17内还是有许多不听信克莱纳的人留了下来。
正当爱丽克斯与戈登乘火车逃出C17时，城堡爆炸了。城堡上空形成了一个巨大的传送门，数据都被传送了出去，联合军探员也利用飞船朝着四面八方发射了出去。
2、阻止入侵（EP2）
城堡爆炸后，C17被完全摧毁，可以说地球上的联合军已经孤立无援，然而，城堡爆炸前发射出去的数据致使地球上的联合军与联合军高层世界取得了联系，城堡废墟上再次形成了一个巨大的超级传送门的雏形，传送门一旦形成，联合军便可再发动一次入侵战争。
爱丽克斯与戈登所乘坐的火车在爆炸中翻车，不过两个人都活了下来。他们俩利用废弃的电台同白森林方面取得联系，然后决定去白森林把拷贝出来的数据交给克莱纳等人，然后利用数据关闭联合军的传送门。联合军方面则一刻也没有放弃搜索他们，联合军在C17周边的剩余部队已经开始集结，准备夺回他们的数据。
在去白森林的路上，爱丽克斯被一只联合军的捕食者（Hunter）击伤，并被弗地冈救起，送到了在地下坑洞的反抗军据点。戈登与一名弗地冈潜入了蚁狮洞的深处，得到了蚁狮卵的萃取物，然后救了爱丽克斯一命。这时，Gman再次闯入了弗里曼的世界，以命令的口吻逼迫戈登要把爱丽克斯安全的护送到白森林，然后让爱丽克斯向伊莱传话：“准备接受出乎意料的结果”。
爱丽克斯醒来后，与戈登、一名弗地冈一起在旧的化工厂里，找到了一辆车，随后爱丽克斯与戈登便利用这辆车踏上了前往白森林的路。
路上，他们破坏了一只联合军探员卵的维生系统，联合军探员逃跑了，不过却引来了联合军的重兵，他们击溃了联合军的围堵，来到了一个反抗军据点，反抗军的战友们帮助他们维修了刚刚在交战中破损的车。
之后，爱丽克斯与戈登的车还遭遇到过联合军的埋伏，不过联合军都未得逞。
最终，爱丽克斯与戈登到达了白森林的火箭基地，此时2号发射井发生了故障，马格奴森博士要弗里曼来解决，没想到故障的原因竟是联合军的破坏。联合军的军队发现了火箭基地的位置，并把兵力从2号发射井空降至基地内部，戈登及时来到了2号发射井的控制室，关闭了井门。
随后，伊莱、爱丽克斯、克莱纳与戈登破译了带回来的数据，看到莫斯曼在北极发现了光圈科技（ApertureScience）的遗迹——“北极光号”研究船，莫斯曼的生死未卜。克莱纳决定利用“光圈科技”的强大力量来对付联合军，但伊莱坚决反对。爱丽克斯在向伊莱传递了Gman的话后，伊莱差点晕了过去，并一再警告戈登，一定要摧毁那艘船。
此时，联合军准备利用三脚机甲（Strider）部队摧毁马格奴森的火箭，戈登在马格奴森的指导下，学会了使用马格奴森装置（MagnussonDevice）——一种对付三脚机甲的黏性炸弹，然后，戈登歼灭了联合军的进攻部队，保住了马格奴森的火箭。克莱纳等人将数据打包进了火箭中的卫星中，然后发射了出去，联合军的传送门立刻崩溃了。
接下来，爱丽克斯与戈登决定乘直升机去北极圈寻找莫斯曼，伊莱在他们临走前被一只联合军探员所杀，幸亏阿狗的出现，救了爱丽克斯与戈登，但爱丽克斯失去了她的父亲。。。。。。
故事在继续，随时修改及追加……
附录：
附1：HL1黑山事件时间次序表及相关
灾难前黑山部分计划：
1、。异常物质实验室对水晶样本进行分析；
2、推进测试实验室对火箭进行点火测试；
3、对“阿尔法”卫星进行部署；
4、危险应变课程十项运动将于当日晚上7：00开始；
5、安全人员准决赛将在安全通讯频道转播；
灾难前黑山部分状况：
顶部温度93华氏度，内部温度68华氏度；
水力发电站以60％运转中；
主反应器运转正常；
所有系统均准时运作；
事件次序表（次序以序号为准，同序号内暂时无法确定先后次序）：
1、基地部分系统发生故障，并修复；
巴尼到达C区，开始第一天的执勤；
2、弗里曼通过运输系统到达C区异常物质实验室，在列车内首次与G－man见面；
3、弗里曼取得HEVⅣ防护衣；
巴尼接到去G区维修电梯的任务，并取得了防弹衣与武器；
4、水晶样本分析实验室开始，指数串联现象发生，灾难开始；
5、C区发生爆炸与坍塌，侦测到未经授权的生物反应，电梯全部失效；
基地通告：B区与C区有生化危险警告；
B区冷却剂维护区侦测到未经授权的生物反应；
B区地下三楼淹水；
管理中心（D区）发生异常能量反应；
巴尼所在电梯坠毁，但侥幸生还，开始了逃亡之路；
6、弗里曼进入B区冷却剂维护区，然后进入D区管理中心；
7、管理人员开始从D区撤退；
通风系统侦测到未经授权的生物反应；
D区炮塔防御系统启动；
8、政府军到达基地
部分人员被捕，接受审讯，部分人员遭到屠杀；
军队对基地顶部实施空袭；
各搜索摧毁部队开始向地下渗透，实施封锁；
广播通报系统由军方接管；
谢泼德所在部队可能已经进入黑山上空，并被击落，谢泼德本人获救
9、弗里曼到达材料储存所；
巴尼可能正在与军队交火，并救出罗森堡博士，并被博士带到旧传送仪实验室；
10、B部队与弗里曼在材料储存所发生交火；
火箭点火测试已被解除；
11、弗里曼到达E区推进测试实验室，踏上前往λ要塞的路；
12、医疗小组开始向材料储存所移动，救助B部队伤亡人员；
A部队出动，遭遇科学人员反抗；
军方向弗里曼通告：立刻向军方报道，接受安全检查；
E区铁路隧道遭到异型进攻，E部队进行防御；
弗里曼重新开启推进点火测试，杀死藤怪；
13、E区铁路动力中断；
弗里曼进入铁路控制室；
14、E区铁路隧道周边阵地失守；
D部队到达火箭发射控制室；
15、弗里曼恢复了铁路动力，进入隧道；
16、弗里曼获得了发射卫星的任务指示；
17、军队正式获得授权：允许对戈登？弗里曼使用武力；
封锁检查小组到达先进生物研究实验室；
18、弗里曼发射卫星成功，军方与λ要塞开始监控弗里曼行踪；
医疗小组开始向E区移动，救助E部队伤亡人员；
19、弗里曼被捕，但成功逃脱，进入旧工业区；
巴尼与罗森堡等人成功逃脱；
20、先进生物研究实验室侦测到有Xen军事力量活动；
弗里曼到达先进生物研究实验室；
21、Xen军队开始入侵黑山基地顶部；
军方向弗里曼通告：所有科学人员将被处决，直到弗里曼投降为止；
弗里曼取得实验性武器；
22、弗里曼到达水力发电厂及周围顶部地区；
顶部封锁部队正在抗击Xen军队的入侵；
23、弗里曼到达λ要塞的外围；
军队开始撤退；
谢泼德收到撤退任务指示；
24、λ要塞遭到空袭；
谢泼德到达E区撤退点，但未能撤出；
25、弗里曼进入λ要塞内部；
26、λ要塞异次元封锁系统失效，Xen军队开始入侵λ要塞；
27、弗里曼启动λ要塞的反应炉并到达反应炉顶部；
X族已经进入黑山；
黑衣人部队已经开始向HECU开火；
谢泼德首次与黑衣人交火，第一次见到包裹（核弹）
28、弗里曼被λ小组送往Xen以杀掉尼赫伦斯；
谢泼德与弗里曼在λ反应炉顶部向遇；
29、谢泼德获得实验性武器；
30、谢泼德到达生物实验室；
31、谢泼德到达废料处理地段，杀死坑洞蠕虫；
32、谢泼德到达水力电厂附近仓库；
33、谢泼德到达水力发电厂；
34、谢泼德在地下停车场阻止黑衣人引爆核弹，但核弹被gman重新启动；
35、谢泼德杀死基因蠕虫；
36、黑山基地被核弹摧毁；
各部队所在区域对照表：
A部队：不明
E部队：材料储存所
B部队：E区铁路系统
D部队：火箭发射控制室
顶部封锁部队：基地顶部
封锁检查小组：先进生物研究实验室
医疗小组：随时调动中
附2：部分疑问解释
以下内容部分未经证实，只是为了暂时的剧情衔接所推理或猜测的。如果日后valve透露出了与之冲突的内容，则以valve内容为准。
1、戈登。弗里曼是谁？
首先从外表上我们可以看到，他是一个男人（废话！！）。有一对绿色的眼睛，戴着一副黑框眼镜。黑褐色的胡须，黑褐色的眉毛，以及黑褐色且杂乱的头发。
他只是个普通人。实际上，他是个非常聪明的普通人类，一个物理学家。
在HL1中我们可以了解到，弗里曼的年龄是27岁，未婚且举目无亲。出生于西雅图市。
就在戈登毕业之际，克莱纳已经在黑山研究所的顶级保密计划中取得了一大步的进展，而且急需一些助手来完成剩下的工作。弗里曼毫无疑问地被选中了，并且他也同意到黑山研究所去工作。此内容在正文部分已有介绍。
由于试验急缺人手，他在尚未录入视网膜出入许可系统的情况下经过短暂的避难训练和试验培训后，就被匆匆的送到实验室了。
毫无疑问，他是HL系列的主人公，少言寡语，责任心强，立场坚定，是非分明。手持一杆红漆撬棍，身着书写λ字符的HEV防护衣，他，就是戈登。弗里曼。
根据Half－life2：RaisingtheBar一书，戈登？弗里曼的名字表达了对弗里曼？戴森（FreemanDyson，一名著名的美国物理学家）的敬意。
2、HEV防护衣是怎么回事？
HEV防护系统，英文HazardousEnvironment，由黑山基地的λ小组开发，专门为黑山基地的科学人员在危险环境状况下使用，如供的黑山勘探队在Xen做业。
HL1中，戈登使用的是HEV第四代防护衣。