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因此，在真正意义上中国以洪堡模型为基础建立研究型大学不过20年的历史。而自1950年之后，中国再没有恢复纽曼型大学。那么，在这20年中，中国是在何种程度上，方式上建立现代研究型大学的呢。笔者认为，主要还是从形式上，制度上，管理上模仿西方大学。比如：
学位制度：学士，硕士，博士；
管理制度：学院，系，研究所，中心；
系统形式：所有大学体系的职称和名词基本来自于西方大学。
比如：校长（President），院长（Dean）； 系主任（Department Chair）； 教学大纲（Syllabus）； 实验室（Laboratory）； 研究中心（Research Center）； 研究项目（Research program）； 研究经费（Research grant）； 等等。这些名词和概念在古典中国都不存在。因而，可以认为，中国基本上是以西方大学为模型进行效仿和学习。不过有些大学更偏向欧洲大学，比如德国，以资深教授带数名年轻教师组成研究组。而有些则欣赏美国系统，以单一青年教授为小组进行研究。在评审职称，项目评估，课程设置，学位答辩； 科研项目等众多方面几乎与欧美大学无异。需要指出的是，中国著名大学的经费已经相当客观。至此，我们可以认为，中国在短短20年迅速的完成了现代大学的基础建设。
通过以上分析，我们发现，通过20年的努力 （或者可以说是一百年的努力） ，今天中国的大学，尤其那些著名大学，已经在规模，管理，形式，等方面初具规模。事实上，中国著名大学在校园和实验室建设，经费水平，部分科研能力上已经达到世界水平。但是这种评估机制还是建立在数量上和形式上的，比如实验面积，科研资助，设备水平，文章档次。笔者认为，中国的著名大学很快会在文章数量，研究水平，科研资助方面达到目前许多世界主流大学的水平。但是，我们无法定义，在指标上达到同等水平的大学就一定是现代大学。
那么，中国的大学与西方现代大学的本质区别在哪里呢？笔者作出以下几个方面的对比分析：
西方大学的历史传统
在完成大学基础建设之后，中国大学，尤其著名大学最为感兴趣的就是如何建立世界一流大学。在这些著名大学里，有面积最大的校园，最充足的经费，最先进的设备，最宽大的实验室，最聪明的研究者。但是，我们必须承认，我们的大学与世界一流大学毕竟有相当的差距。这种差距不仅仅是在学术上，因为中国已经有许多一流学者。而这种差距主要表现在理念上，意识上，文化上。
中国近代历史，与西方社会最为关键的差别在于没有科学传统与思想启蒙运动。正是由于没有经历过这两个思想上根本性的变革，中国在思维方法，高等教育，科学研究等方面都与西方社会存在十分明显的区别。而这种文化上的差异深刻地反映在大学理念里。
十分有趣的是，在教育形式上，古代中国与希腊时代有些相似的地方。春秋后期的鲁国人孔丘 （公元前551年） 与希腊学者苏格拉底 （公元前469年） 几乎是同时期的人。对于孔丘，素有“弟子三千” 的之称。而苏格拉底培育出像柏拉图这样的伟大哲人。虽然，他们的时代距离今天两千多年，但是他们的教育传统却十分相似。都是各自为师，而周围有一群崇拜者和追随者（学生） 。正是由于当时十分自由的思想环境，即便是早期文明，已经诞生了许多伟大的哲理。但是，那时的教育，学习，研究还是十分个体的，分散的，没有严格组织的。
但是，公元3世纪以后，基督教不断地扩大，在罗马社会形成巨大的影响。由于基督教的出现，使得罗马文化不断背离古希腊的价值观。公元4世纪罗马帝国将基督教合法化，并立为国教。基督教的诞生和发展对西方文化产生了十分深远的影响，成为今天西方文化的重要组成部分之一。西方文化的许多重要发展都与基督教和教堂息息相关。比如：音乐，伦理，哲学，教育，艺术，文学，工程，设计，建筑。事实上，西方的学术研究，大学教育，甚至科学，都来自于宗教体系。
学术传统
最早的西方大学，都是中世纪时期由天主教会建立的。大学的主要活动，除了研究神学，还学习语言，修辞，音乐，数学，天文，哲学，等等。今天十分著名的牛津大学，剑桥大学，巴黎大学都是中世纪时代建立起来的教会大学。中世纪的大学主要培养神职人员。许多大学训练出来的学者专门从事神学学术研究。美国的哈佛大学在19世纪末期之前也仅仅是培养神职人员的大学。所以，西方大学的历史，就是神学的历史，教会的历史，同时也是教育的历史和学术的历史。
西方大学有着上千年悠久的基督教传统。这种传统很容易从大学的早期建筑上体现出来。剑桥大学那些古老的学院在中世纪就是神学的经院和学术研究的圣地。虽然现代科学是从17世纪以后才开始的，但是“学术研究“在西方社会自希腊时期就开始了。而十分严谨的，系统性的，学院式的学术活动是基督教经典传统。教会建立的那些经院就是大学的前身。在3世纪左右建立基督教之后，神学不仅统治了政治，思想，社会，而且主导了人类的知识系统。世间所有认知； 无论是人类起源，还是自然万物都来自圣经。今天，对于知识的认可来自学术界的科学研究活动。但是人类早期许多知识的的建立是通过教会和政府的权威。例如，康斯坦丁大帝在公元4世纪时就雇佣过许多宗教学者参与解读，翻译，筛选古代神学材料，并在此基础上撰写，汇编圣经的部分内容。这种整理神学资料的工作是当时典型的“学术活动。”
自基督教在3世纪建立之后，所有社会承认的知识就来自于圣经了。这些知识对人间万物无所不包，是致上的，唯一的权威。但是，由于所谓的“旧约” 是用希伯莱文，而“新约” 是用希腊文写的。所以，历史中很多学术工作是把它们翻译成为拉丁文，英文，和通用语言。在翻译的过程中，译者会按照雇佣者的旨意把原作进行图解和发挥，于是形成了形形色色的版本。由于各自对原作的解释不同，就出现了不同的学派和教派。这种对圣经，同时也是对“知识” 的考证，图解，判断，推理，发挥构成历史上学术工作的一个十分主要的部分。由于圣经之浩瀚，历史之悠久（公元前一千多年前就出现了） ，再加上教会和政府的极度重视，围绕圣经所进行的学术工作十分可观。不仅建立了许多经院，大学，而且培养了许多训练有素的学者。他们精通语言，修辞，文法，以至数学，天文，哲学，艺术，和希腊经典。在一千多年的历史长河中，由于这种学术活动，形成了西方历史独特的学术传统。
这种学术传统具有方法严谨，研究系统，模式规范，逻辑清晰，推理求证，重视证据，学术集中（大学与经院），等西方研究的特点。即便在今天，也可以从现代学术中体现出来。今天的学者从事研究时，已经十分熟悉现代学术的规范，方法，理念。但是这些学术方式并不是在近代才产生的，它经历过人类社会漫长的演变。而它的源头就是神学研究。
质疑的传统
也正是由于神学研究的传统，培养了许多优秀的学者。他们对探索自然充满好奇，同时又掌握严谨的研究方法。在专心研究神学的过程中，他们越发无法满足圣经对自然的解释，比如“地心说。” 于是，很自然，出现了像哥白尼这样伟大的学者。哥白尼就是神学经院里训练有素的学者和神甫。于是，好奇使得他走出圣经的光环。哥白尼时代（1473…1543） ，世界已经经历的“文艺复兴” 的洗礼。人们重温希腊经典，质疑基督说教，开始寻找思想的新空间。但是，哥白尼所面临的不仅仅是“地心说” 的正确与错误，而是一个更为巨大的命题：什么是知识的基础。很多人都认为哥白尼挑战了教会。其实他在发现“日心说” 时犹豫了很久，因为“知识的权威是谁”的基本问题还没有得到解决。为了这个问题，哥白尼整整等了十年才发表他的发现。
在哥白尼之前，真理的权威，知识的权威毫无疑问的属于圣经，属于教会，属于基督。没有任何人可以挑战这一点。事实上，哥白尼本人也没有在真正的意义上质疑教会。他仅仅是在自己的研究中发现了“日心说，” 而只是从事实出发宣布了自己的发现。他即没有反对上帝，也没有抗拒教会，只是在另外一个真理面前表现了极大的困惑和不安。
真正从思维上挑战圣经真理的就是哥白尼之后，17世纪的伟大哲学家，数学家笛卡尔 ＇5＇。这位不太安分守己，喜好周游世界的法律学毕业生，由于受到荷兰哲学家皮克曼启蒙性的引导而开始对数学和哲学发生极大的兴趣。笔者认为，笛卡尔最大的贡献是质疑了传统的知识系统：什么才可能成为知识 （真理）。在他之前，知识全部来自圣经，即所谓的“圣经真理” （Biblical Truth） 。由于圣经的形成是基于对长达上千年流传的神学文献书稿进行整理，翻译，解释，甚至发挥，因而带有极强的各人因素，文化影响，历史演变，政府控制。而17世纪时的圣经已经基本形成完整的系统而为教会和社会广泛的接受。所有人类的知识都来自圣经。可是人们发现，真实的世界与圣经有明显的差别。于是，寻找新的认知方法成为17世纪社会思想的焦点。而笛卡尔就是在这个关键的历史时刻提出了自己伟大的学说：“质疑说” （Skepticism） 。他认为客观真理是与每个人的感觉，看法，意识无关的。只有通过对自然的观察之后 （每个人观察的结果可能不一样） ，进行现象分析和逻辑推理，才有可能得到推论和证实。而这种推论又必须经过反复质疑才有可能是结论，而成为知识的一部分。一旦成为知识便不可毁灭。所以，圣经真理不是唯一的真理，因为还有另外一种方法可以得到真理：数学。
在古典中国； 没有科学的传统。因而在学术方面的传统，以考证，注释，解译，整理，汇编为主。很少有剧烈的挑战和质疑。对于古典学说，大多以解释和考证为主要学术活动。比如，对于孔子的哲学，历史上与今天的学术成果基本上是对孔子的解译，试图更为深刻的认识他的思想。在学术行为上，这一点十分类似西方历史上对于神学的研究。比如对于圣经资料，历代学者经过上千年的考证，注释，翻译，整理，才汇编成为今天的。在学术活动中，圣经里的章节，理念，观点都是神的旨意，具有绝对的权威，是无法质疑的。
对于孔子也是如此，孔子的思想是中国哲学的核心。学者们只能著译，不能质疑，即便是今天。虽然在历史上，尤其是时期出现过反孔的浪潮，但是那种运动主要是为了接受西方理念而简单的从口号上，情绪化的反孔，而并没有从思想上深刻的批判，并在观点上标新立异。所以，笔者认为，时期的反孔仅仅具有时代上的进步意义，但是没有太多思想上的学术价值。然而笛卡尔不仅讥讽了基督，而且从思想上批判了宗教。更为重要的是，他提出了新的理念，改变了人类的思维方式，是一盏历史上的思�