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当然，他是对的。现代科学正是这样发展起来的。“智慧之人都已经被关进大学问家的地窖里去了——所谓大学问家就是那位学术独裁者亚里士多德——就像很多人被关进修道院和大学的地窖里一样。”培根这样写道。剑桥大学太令他失望了。于是，他和哥哥安东尼提出申请，希望允许他们回到古汗堡的家里，不再继续读下去。另外，几次瘟疫大流行，也使得剑桥大学关门停学好几次。在那几次瘟疫中，光伦敦一个地方，就有几千人死去。安妮夫人感到非常高兴，因为可以把两个孩子接回家中，在自己眼皮底下照顾了。1575年圣诞节前夕，剑桥大学三一学院里关于培根家两个孩子的记录停止了。这样，他们的正式求学生涯也就到了尾声。
这时，培根的秘密日记，如盖洛普和欧文所解密的那样，开始登场了。
这两个“金童”回家后的生活看起来很滋润，他们盼望与家人一起在古汗堡过个快乐的圣诞节。安妮夫人坚持要砍伐一棵最大的木头，在圣诞节时好好烧上一把，祈求来年万事顺心。她还坚持亲自准备节日宴会，来庆贺全家的团圆。弗朗西斯和安东尼一定乐坏了，也一定感到自己长大成人了，头脑中充满了智慧。
传记作家们一直对弗朗西斯的
幽默感津津乐道，总说他有一种魅力超群的“嘲讽的智慧”。本·琼森后来评价道，培根简直是“不嘲讽就说不了话”。他总是嘴上不留情，讥讽的话随口而出。哥哥安东尼也被认为很有幽默感。而正是弗朗西斯超人的幽默感和深刻的精神世界，才使他没有在后来的艰难岁月中垮掉。苦难的影子已经在不远处出现了。
古汗堡的那个圣诞节，标志着弗朗西斯无忧无虑的日子的结束。转过年，过了15岁生日，他遇到了一件令人惊异的事情。这件事完全改变了他的人生，使他飞快地成熟起来。坚决信任他的安东尼，一直站在他的身边，与他一起卷入巨大而难以预测的旋涡中。这场大旋涡不仅改写了他们的人生轨迹，也将对整个西方历史进程产生影响。
撼动小培根人生信念的令人不安的事件，就记录在欧文所发现的密码故事中。最初是从女王身边的那些侍女开始的，她们在百无聊赖之际，要寻找一点刺激来打发时日。弗朗西斯有残疾的小表弟罗伯特·塞西尔被选中当了“牺牲品”。斯凯尔斯爵士的女儿，这个最轻佻的女人，开始在女王的怂恿下，请他跳舞并戏弄他，随后看着他的窘态，哈哈大笑。罗伯特感到非常丢脸，心中燃起怒火。他向女王告了一状，可女王只是笑笑，还进一步奚落他。
对于罗伯特而言，这太过分了。他很快想出一个报复的计策。弗朗西斯也很同情他，尽管对他那种狡猾而又诡诈的方式没有什么好感。弗朗西斯站在一旁，观看这出小戏在眼前一点点地展开。突然，他被圈入冲突的旋涡之中。罗伯特对女王说，刚才和他一起跳舞的女人羞辱了女王的名声。敏感的女王马上问他究竟听到了什么？他说：
“女王啊，这个天真纯洁的小女人，
告诉我说，您就是个彻头彻尾的婊子，
给尊贵的莱斯特生了孩子。”
几乎所有撰写伊丽莎白女王的传记作家，都不得不对她那恶劣的不能控制的脾气说上几句。有位叫博安的人，他是专门为女王写颂歌的，可以称为御用作家吧，他曾写过：“女王非常容易震怒，当她发火时，从她的声音、脸色和手上，都能看得出来。有时，她对家里的佣人大吼大叫，站在老远的人都能听到。据说，为一个非常小的过错，她都会动手打佣人。”
传记作家卡罗利·埃里克森说：“她骂人时声音太大，而且充满着激动情绪，自吹自擂时又过于张牙舞爪，这与她的名贵服饰和充满诱人气息的饰物，形成非常奇怪的对比。她的头上戴着花儿，怒骂却挂在嘴上。她总是飞也似的穿梭于各个房间，看到侍女不遂心意，就连戳带搡地打人，还命令别人恭维说她如何如何漂亮……每次惊天动地的哈哈大笑，每句尖酸刻薄的话语，狂躁不安又坚硬的身躯的每次扭动，都严重损伤了作为女人美丽的形象，在别人眼睛里，女王更被看低了。”
另一位现代传记作家杰肯斯写道：“伊丽莎白易怒，人人知晓：有时候为了一个耳针，她也会大动干戈……女王有一次把一个侍女的手指掰断了，却说是一个倒了的烛台所致。”
听到这些乱发脾气的故事，我们更能想像欧文密码中的真实故事，那是目击者所看到的斯凯尔斯女士被罗伯特·塞西尔故意陷害而受诅咒的第一手资料啊。愤怒的女王手持利刃刺中了倒在地上的小女人。这时，弗朗西斯来到女王面前，双腿跪下，请求允许将小女人从房间里抬走。正在恼怒中的女王突然把所有的怨恨一骨脑都发泄在弗朗西斯的身上。
在《双密码》故事中，这件事被鲜活地描述出来：“她看着我，因为我的不合时宜的干预，脸部表情，变得更加恶毒。她气愤地说道：‘你是我亲生的儿子，可你虽然出自皇家，浑身流淌着皇室的血统，有着傲人的灵魂，却不能统治整个英国，也不能在你母亲的位置之上，更不能统治未来的臣民们。我要把我最疼爱的长子，永远排除出继承王位的行列。’”
弗朗西斯此时已经站起身来，万般惊恐，他几乎不敢相信自己听到的每一句话。罗伯特也站在那里，仔细咀嚼着每个字眼，盘算着如何将这古怪的场面，变得对自己有利。罗伯特这一孩提式的报复行为，带给自己更坚定的决心，有朝一日他一定要想办法铲除弗朗西斯这个令人痛恨的对手。
她是头年轻漂亮的母狮（1）
一气之下，他离开女王，深一脚浅一脚地跑回家。弗朗西斯受到了深深的伤害，他要回到信任的母亲的怀抱。他猛地冲进门，安妮夫人正坐在时髦的四轮马车上准备出门。安妮夫人让弗朗西斯稍等她一会儿，说自己马上回来。但她再看一眼养子那副神情混乱的表情，立刻明白发生了大事。她让车夫先退下，进了房间。弗朗西斯也跌跌撞撞地跟了进来，他的脸上已满是泪水。
“我猛然跪在她的面前，低垂着头，说：‘夫人，请原谅我。今天，女王告诉我，她才是我的母亲，而您不是……我是女王的私生子吗？……’”
很难想像更激烈的场面了——竭力压抑着情绪的安妮夫人怒火中烧，因为女王没有信守自己的诺言，把弗朗西斯出生的秘密说了出来。眼前跪着的养子，不住地哭求，想要了解真相。“你不会喜欢事实真相的。”安妮夫人提醒他。但最终，她告诉他，他不用害怕自己是个私生子，虽然这是当时最令人诅咒的可怕称谓。他是一段婚姻的合法后代，这段婚姻发生在伊丽莎白与“一位绅士”之间。
安妮夫人对小培根讲述的这段离奇古怪的故事，今天正统的历史学者们并不认可，历史书籍中也没有这段故事的只言片语。
历史学者们如果接受这个故事——全部事实就摆在那里——那他们就非常有可能找到揭开伊丽莎白时代一些谜团的钥匙。当时发生了很多离奇的故事，却几乎都没有令人满意的解释。
毋庸赘言，理解那一时代最重要的钥匙之一，就是集天赋与瑕疵于一身的女王与天才儿子之间这种不可思议的关系。这孩子希望实现自己为国家做贡献的梦想，人却被拴系在母亲的私欲之中，不能见光，嘴被当时的政权封住，不能说话。
回到约克大院的书房后，安妮夫人注视着跟前沮丧的孩子，她决定不再隐藏真相。不是她要毁约打破沉默，而是女王先这样做了。
在那长长的夜晚，她讲述着本不应该发生的秘密而可耻的故事。弗朗西斯浑身不住地颤抖，悲伤地听着她所说的字字句句，人完全蒙了。这种秘密故事，本不应该由她讲述，她一直是守口如瓶的呀。可是，当她看到自己非常疼爱的孩子那张痛苦扭曲的脸，她知道，什么都无济于事，只有事实真相才能挽救他。他有权知道自己来自哪里。
从何说起呢？整个故事只能从头叙说。那就从伊丽莎白继承王位的传奇故事谈起吧。有太多的因素，才使得这个故事可以发生。
我们从历史书籍中知晓，英国并不按照萨利克继承法行事。该法规定，只从女方溯源和已故君主发生血缘关系的后裔，均不能继承王位。先是，为了能娶到安妮·博林，也就是伊丽莎白的母亲，亨利八世宣告，他与西班牙伊莎贝拉女儿阿拉贡的凯瑟琳的婚姻无效。这使得凯瑟琳的女儿玛丽不能成为亨利八世的合法继承人。亨利八世希望安妮·博林能为他生一个男性继承人，结果生了伊丽莎白，还是个女儿。于是，他与安妮·博林的婚姻也被宣布无效，小公主伊丽莎白也因此失去了王位的合法继承权。直到第三任妻子珍妮·西摩，才终于给他生了一个儿子，王子爱德华。亨利高兴地把女儿们都召回到自己的羽翼之下，承认她们为王室后代。1544年，英国议会通过一项法案，承认她们有权继承王位。
但几乎没有谁会想到伊丽莎白能成为女王。按照法律，她的同父异母的弟弟和弟弟的后代首先拥有继承权，然后才轮到她的姐姐和姐姐的后代。当时已经很老的亨利国王，因为身体过于肥胖，外加沉迷声色，突然驾崩了。都铎王朝惟一的男性继承人是年幼的爱德华，他于是成了国王爱德华六世。悲惨的是，他在位仅6年，却突然宣布死亡。死因是一种莫名其妙的疾病。他本是国民们的希望。那么，他死去的痛苦状，是不是显示了中毒的痕迹呢？很多人都这么想过，现在也有不少人这么认为。
在王位继承者行列中排第二位的，是亨利老国王的长女玛丽，她是个天主教徒。在一个刚刚改宗新教为国教的国度里，一个信奉天主教的女王是不受欢迎的。她又是一个非常虔诚的人，她生活中最重要的目的，就是将英国恢复到由教会监督下的国家，恢复到她敬爱的母亲阿拉贡的凯瑟琳所笃信的宗教上。玛丽是个善良的女人。只是她孜孜以求的，是在全英国恢复天主教。她毫不留情地铲除新教以及新教徒，这使她获得了“血腥玛丽”的称号。
此时，年轻的伊丽莎白处境很糟。一些新教徒看到，只有她才不会与圣公会教会或天主教会妥协。于是，他们瞅准机会，试图把她推到王位上去。这样一来，伊丽莎白立刻成了玛丽的直接威胁。一国之君最应提防的不是别人，就是马上准备接任王位的人。玛丽感到自己别无选择，她采纳了幕僚们的意见，将这个同父异母、想接替王位的小妹妹囚禁到伦敦的塔楼里。
而玛丽女王的好日子，也十分短暂。由于她没有生出男性王位继承人，她在民众中又相当不受欢迎。最重要的是，她亲爱的丈夫，西班牙国王菲利普二世抛弃了她，竟自回到自己的国家，她在王位上只坐了5年，就因为没人爱，郁闷孤独地死去了。
老国王亨利与安妮·博林生的这个女儿，伊丽莎白·都铎，此时已经得到民众的广泛欢迎。国民都希望她能继任王位。当然不仅因为她母亲的缘故，而且她长得酷似老国王，举手投足都有一股王者的架势，她又�